Building an RNA-Based Toggle Switch Using Inhibitory RNA Aptamers.
Building an RNA-Based Toggle Switch Using Inhibitory RNA Aptamers.
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DOI：
10.1021/acssynbio.1c00580
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发表时间：
2022-02-18
影响因子：
4.7
通讯作者：
Bae, Wooli
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Climent-Catala, Alicia;Ouldridge, Thomas E.;Stan, Guy-Bart, V;Bae, Wooli
与传统的基于蛋白质的网络相比，合成 RNA 系统具有独特的优势，例如更快的响应、更高的特异性和可编程性。在这里，我们展示了一种使用 RNA 适体的体外基于 RNA 的拨动开关，能够抑制 T7 或 SP6 RNA 聚合酶的转录活性。使用西兰花和孔雀石绿发光适体系统同时监测两种聚合酶的活性。在我们的切换开关中，T7 启动子驱动 SP6 抑制性适体的表达，SP6 启动子表达 T7 抑制性适体。我们证明，通过添加 DNA 序列来隔离 RNA 抑制适体，可以切换源于适体相互抑制的两种不同状态。最后，我们通过使用混合 RNA 酶引入 RNA 的受控降解，在降解条件下评估了基于 RNA 的拨动开关。我们的结果表明，基于 RNA 的拨动开关可用作合成生物学应用中核酸网络的控制元件。
Synthetic RNA systems offer unique advantages such as faster response, increased specificity, and programmability compared to conventional protein-based networks. Here, we demonstrate an in vitro RNA-based toggle switch using RNA aptamers capable of inhibiting the transcriptional activity of T7 or SP6 RNA polymerases. The activities of both polymerases are monitored simultaneously by using Broccoli and malachite green light-up aptamer systems. In our toggle switch, a T7 promoter drives the expression of SP6 inhibitory aptamers, and an SP6 promoter expresses T7 inhibitory aptamers. We show that the two distinct states originating from the mutual inhibition of aptamers can be toggled by adding DNA sequences to sequester the RNA inhibitory aptamers. Finally, we assessed our RNA-based toggle switch in degrading conditions by introducing controlled degradation of RNAs using a mix of RNases. Our results demonstrate that the RNA-based toggle switch could be used as a control element for nucleic acid networks in synthetic biology applications.
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影响因子：
9.9
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
15
作者：
Babendure, JR;Adams, SR;Tsien, RY
通讯作者：
Tsien, RY
DOI：
10.1073/pnas.1514974112
发表时间：
2015-12-22
影响因子：
11.1
作者：
Lynch, Michael;Marinov, Georgi K.
通讯作者：
Marinov, Georgi K.
影响因子：
10.8
作者：
Bae, Wooli;Stan, Guy-Bart, V;Ouldridge, Thomas E.
通讯作者：
Ouldridge, Thomas E.
影响因子：
7.2
作者：
Breaker, Ronald R.
通讯作者：
Breaker, Ronald R.