Enzymatic thioamidation of peptide backbones.
Enzymatic thioamidation of peptide backbones.
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DOI：
10.1016/bs.mie.2021.04.010
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发表时间：
2021
影响因子：
--
通讯作者：
Mahanta N
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Liu A;Krushnamurthy PH;Subramanya KS;Mitchell DA;Mahanta N
硫代酰胺存在于一些天然产物和两种已知的蛋白质组合中：大肠杆菌核糖体和来自甲烷代谢的古生菌的甲基辅酶M还原酶(MCR)。与酰胺相比，硫代酰胺改变了多肽骨架的物理和化学性质，包括构象动力学、蛋白质降解稳定性、氢键能力，以及安装后可能的蛋白质反应性。最近，在阐明酶的翻译后硫代酰胺安装方面取得了重大进展，大多数工作利用了古生菌的MCR修饰酶。本章介绍了用于MCR衍生多肽的体外酶促硫代酰胺化反应的方法，包括多肽过表达、纯化、反应重组和基于质谱学的产品分析。此外，我们重点介绍了使用从大肠杆菌中异源获得的重组酶进行生化、动力学和结合研究所使用的方案。我们预计这些方法将有助于指导未来对多肽翻译后硫代酰胺化的研究，以及使用并行工作流程进行其他多肽骨架修饰的研究。
Thioamides are found in a few natural products and two known protein assemblies: the Escherichia coli ribosome and methyl coenzyme M reductase (MCR) from methane-metabolizing archaea. Compared to an amide, thioamides alter the physical and chemical properties of peptide backbones, including the conformation dynamics, proteolytic stability, hydrogen-bonding capabilities, and possibly reactivity of a protein when installed. Recently, there has been significant progress in elucidating enzymatic post-translational thioamide installation, with most work leveraging the archaeal MCR-modifying enzymes. This chapter describes the protocols used for the in vitro enzymatic thioamidation of MCR-derived peptides, including polypeptide overexpression, purification, reaction reconstitution, and mass spectrometry-based product analysis. In addition, we highlight the protocols used for the biochemical, kinetics, and binding studies using recombinant enzymes obtained heterologously from E. coli. We anticipate that these methods will serve to guide future studies on peptide post-translational thioamidation, as well as other peptide backbone modifications using a parallel workflow.
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影响因子：
16.6
作者：
Jurgenson CT;Begley TP;Ealick SE
通讯作者：
Ealick SE
DOI：
10.1073/pnas.1722324115
发表时间：
2018-03-20
影响因子：
11.1
作者：
Mahanta, Nilkamal;Liu, Andi;Mitchell, Douglas A.
通讯作者：
Mitchell, Douglas A.
影响因子：
5.4
作者：
Kahnt, Joerg;Buchenau, Baerbel;Thauer, Rudolf K.
通讯作者：
Thauer, Rudolf K.
影响因子：
14.9
作者：
Santos-Aberturas, Javier;Chandra, Govind;Truman, Andrew W.
通讯作者：
Truman, Andrew W.
DOI：
10.1073/pnas.89.11.4884
发表时间：
1992-06-01
影响因子：
11.1
作者：
WEBB, MR
通讯作者：
WEBB, MR