Entering the era of bacterial epigenomics with single molecule real time DNA sequencing.
Entering the era of bacterial epigenomics with single molecule real time DNA sequencing.
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DOI：
10.1016/j.mib.2013.01.011
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发表时间：
2013-04
影响因子：
5.4
通讯作者：
Waldor MK
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Davis BM;Chao MC;Waldor MK
DNA修饰，如甲基化，指导许多关键的生物过程，但表观遗传信息尚未被常规收集作为DNA序列分析的一部分。最近，单分子真实的时间（SMRT）DNA测序的发展使得能够基于DNA合成反应的动力学分析，在获得一级序列数据的同时检测修饰的核苷酸（例如，6mA、4mC、5mC）。在细菌中，甲基化和非甲基化位点的全基因组定位现在是可行的。这一技术进步为全面、机械地评估细菌DNA甲基转移酶对基因表达、染色体结构、染色体复制和其他基本生物过程的影响奠定了基础。SMRT测序还可以检测受损的DNA，并有可能发现新的DNA修饰。
DNA modifications, such as methylation, guide numerous critical biological processes, yet epigenetic information has not routinely been collected as part of DNA sequence analyses. Recently, the development of single molecule real time (SMRT) DNA sequencing has enabled detection of modified nucleotides (e.g, 6mA, 4mC, 5mC) in parallel with acquisition of primary sequence data, based on analysis of the kinetics of DNA synthesis reactions. In bacteria, genome-wide mapping of methylated and unmethylated loci is now feasible. This technological advance sets the stage for comprehensive, mechanistic assessment of the effects of bacterial DNA methyltransferases - which are ubiquitous, extremely diverse, and largely uncharacterized – on gene expression, chromosome structure, chromosome replication, and other fundamental biological processes. SMRT sequencing also enables detection of damaged DNA and has the potential to uncover novel DNA modifications.
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影响因子：
48
作者：
Flusberg, Benjamin A.;Webster, Dale R.;Lee, Jessica H.;Travers, Kevin J.;Olivares, Eric C.;Clark, Tyson A.;Korlach, Jonas;Turner, Stephen W.
通讯作者：
Turner, Stephen W.
DOI：
10.1056/nejmoa1106920
发表时间：
2011-08-25
期刊：
The New England journal of medicine
影响因子：
--
作者：
Rasko DA;Webster DR;Sahl JW;Bashir A;Boisen N;Scheutz F;Paxinos EE;Sebra R;Chin CS;Iliopoulos D;Klammer A;Peluso P;Lee L;Kislyuk AO;Bullard J;Kasarskis A;Wang S;Eid J;Rank D;Redman JC;Steyert SR;Frimodt-Møller J;Struve C;Petersen AM;Krogfelt KA;Nataro JP;Schadt EE;Waldor MK
通讯作者：
Waldor MK
影响因子：
14.9
作者：
Bart A;van Passel MW;van Amsterdam K;van der Ende A
通讯作者：
van der Ende A
影响因子：
64.5
作者：
Johnson, SJ;Beese, LS
通讯作者：
Beese, LS
影响因子：
14.9
作者：
Drozdz, Marek;Piekarowicz, Andrzej;Radlinska, Monika
通讯作者：
Radlinska, Monika