On the phylogenetic position of Myzostomida: can 77 genes get it wrong?
On the phylogenetic position of Myzostomida: can 77 genes get it wrong?
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DOI：
10.1186/1471-2148-9-150
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发表时间：
2009-07-01
影响因子：
3.4
通讯作者：
Tiedemann R
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Bleidorn C;Podsiadlowski L;Zhong M;Eeckhaut I;Hartmann S;Halanych KM;Tiedemann R
系统基因组学分析最近成为流行的解决问题的深后生动物发生。核糖体蛋白（RP）占主导地位的许多这些分析，或在某些情况下，唯一的基因包括在内。尽管最初的希望，包括数十至数百个基因的基因组分析仍然未能有力地放置许多两侧类群。使用myzostomids的系统发育位置为例，我们表明，来自RP基因和线粒体基因产生不一致的结果。而前者支持的一个分支内的一个位置的扁平动物类群，线粒体数据恢复环节动物的亲和力，这是强烈支持的基因顺序数据，是一致的形态。使用假设检验，我们的RP数据显着拒绝环节动物的亲和力，而一个扁平动物的关系是显着拒绝的线粒体数据。我们的结论是：（i）属于一个单一类别的大分子复合物的一组标记的依赖可能会导致分析偏差，以及（ii）所有可用数据的串联可能会引入相互矛盾的信号到系统发育分析。因此，我们强烈建议在基因组分析中检测数据不一致性。此外，判断所有可用的数据，我们认为环节动物的亲和力假说更合理的比可能的扁形动物的亲和力myzostomids，和怀疑长分支的吸引力是影响RP数据。然而，这一假设需要通过未来的分析进一步证实。
Phylogenomic analyses recently became popular to address questions about deep metazoan phylogeny. Ribosomal proteins (RP) dominate many of these analyses or are, in some cases, the only genes included. Despite initial hopes, phylogenomic analyses including tens to hundreds of genes still fail to robustly place many bilaterian taxa. Using the phylogenetic position of myzostomids as an example, we show that phylogenies derived from RP genes and mitochondrial genes produce incongruent results. Whereas the former support a position within a clade of platyzoan taxa, mitochondrial data recovers an annelid affinity, which is strongly supported by the gene order data and is congruent with morphology. Using hypothesis testing, our RP data significantly rejects the annelids affinity, whereas a platyzoan relationship is significantly rejected by the mitochondrial data. We conclude (i) that reliance of a set of markers belonging to a single class of macromolecular complexes might bias the analysis, and (ii) that concatenation of all available data might introduce conflicting signal into phylogenetic analyses. We therefore strongly recommend testing for data incongruence in phylogenomic analyses. Furthermore, judging all available data, we consider the annelid affinity hypothesis more plausible than a possible platyzoan affinity for myzostomids, and suspect long branch attraction is influencing the RP data. However, this hypothesis needs further confirmation by future analyses.
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影响因子：
10.7
作者：
Castresana, J
通讯作者：
Castresana, J
DOI：
10.1098/rspb.2008.0372
发表时间：
2008-08-22
影响因子：
4.7
作者：
Helmkampf, Martin;Bruchhaus, Iris;Hausdorf, Bernhard
通讯作者：
Hausdorf, Bernhard
影响因子：
6.5
作者：
Lanterbecq, D;Rouse, GW;Eeckhaut, I
通讯作者：
Eeckhaut, I
DOI：
10.1098/rstb.2007.2240
发表时间：
2008-04-27
影响因子：
6.3
作者：
Jenner, Ronald A.;Littlewood, D. Timothy J.
通讯作者：
Littlewood, D. Timothy J.
影响因子：
1.5
作者：
Eeckhaut, I;Fievez, L;Müller, MCM
通讯作者：
Müller, MCM