Profiling Chromatin Accessibility at Single-cell Resolution.
Profiling Chromatin Accessibility at Single-cell Resolution.
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DOI：
10.1016/j.gpb.2020.06.010
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发表时间：
2021-04
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Biernaskie JA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Sinha S;Satpathy AT;Zhou W;Ji H;Stratton JA;Jaffer A;Bahlis N;Morrissy S;Biernaskie JA
如何制定不同的转录程序，以产生细胞的异质性和可塑性，并使复杂的命运决定是重要的开放问题。一个关键的调节因子是细胞的表观基因组状态，其通过调节染色质可及性来驱动不同的转录程序。全基因组染色质可及性测量可以在单细胞分辨率下深入了解DNA结合蛋白可及的调控序列。本文概述了分子方法和生物信息学工具，用于捕获细胞间染色质的变化，使用单细胞测定转座酶可访问的染色质，使用测序（scATAC-seq）在一个可扩展的方式。它还涵盖了染色质与转录组/蛋白质组测量的联合分析，整合多组学测量的计算策略，以及从单细胞转录组数据集推断染色质可及性的预测性生物信息学工具。通过强大的染色质覆盖和整合多种模式的测量来增加细胞发现的能力的方法学改进将进一步扩大我们对稳态和疾病期间基因调控的理解。
How distinct transcriptional programs are enacted to generate cellular heterogeneity and plasticity, and enable complex fate decisions are important open questions. One key regulator is the cell’s epigenome state that drives distinct transcriptional programs by regulating chromatin accessibility. Genome-wide chromatin accessibility measurements can impart insights into regulatory sequences (in)accessible to DNA-binding proteins at a single-cell resolution. This review outlines molecular methods and bioinformatic tools for capturing cell-to-cell chromatin variation using single-cell assay for transposase-accessible chromatin using sequencing (scATAC-seq) in a scalable fashion. It also covers joint profiling of chromatin with transcriptome/proteome measurements, computational strategies to integrate multi-omic measurements, and predictive bioinformatic tools to infer chromatin accessibility from single-cell transcriptomic datasets. Methodological refinements that increase power for cell discovery through robust chromatin coverage and integrate measurements from multiple modalities will further expand our understanding of gene regulation during homeostasis and disease.
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影响因子：
48
作者：
Cao Z;Chen C;He B;Tan K;Lu C
通讯作者：
Lu C
单细胞染色质可及性揭示了调节变化的原理。
影响因子：
64.8
作者：
Buenrostro JD;Wu B;Litzenburger UM;Ruff D;Gonzales ML;Snyder MP;Chang HY;Greenleaf WJ
通讯作者：
Greenleaf WJ
DOI：
10.1126/science.aau0730
发表时间：
2018-09-28
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Cao J;Cusanovich DA;Ramani V;Aghamirzaie D;Pliner HA;Hill AJ;Daza RM;McFaline-Figueroa JL;Packer JS;Christiansen L;Steemers FJ;Adey AC;Trapnell C;Shendure J
通讯作者：
Shendure J
影响因子：
56.9
作者：
Cao, Junyue;Packer, Jonathan S.;Shendure, Jay
通讯作者：
Shendure, Jay
使用 STREAM 组学数据的单细胞轨迹重建、探索和绘图
影响因子：
16.6
作者：
Chen, Huidong;Albergante, Luca;Pinello, Luca
通讯作者：
Pinello, Luca