SilkDB v2.0: a platform for silkworm (Bombyx mori ) genome biology.
SilkDB v2.0: a platform for silkworm (Bombyx mori ) genome biology.
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DOI：
10.1093/nar/gkp801
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发表时间：
2010-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Xia Q
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Duan J;Li R;Cheng D;Fan W;Zha X;Cheng T;Wu Y;Wang J;Mita K;Xiang Z;Xia Q
SilkDB是一个开放访问的家蚕基因组生物学数据库。自5年前完成测序草图和SilkDB首次发布以来，我们与其他小组合作，在家蚕基因组研究方面取得了显著进展，例如完成了新的高质量家蚕基因组序列组装以及构建了全基因组微阵列以调查基因表达谱。为了容纳这些新的基因组数据并容纳更全面的基因组信息，我们使用新的Web界面重建了SilkDB数据库。在SilkDB的新版本（v2.0）中，我们更新了基因组数据，包括基因组组装、基因注释、染色体作图、亲缘关系和实验数据，如微阵列表达数据、表达序列标签（EST）和相应的参考文献。为了方便地访问家蚕基因组数据，开发了几种新的工具，包括SilkMap、Silkworm Chromosome Browser（SCB）和BmArray。SilkDB在http://www.silkdb.org的新URL上公开提供。
The SilkDB is an open-access database for genome biology of the silkworm (Bombyx mori). Since the draft sequence was completed and the SilkDB was first released 5 years ago, we have collaborated with other groups to make much remarkable progress on silkworm genome research, such as the completion of a new high-quality assembly of the silkworm genome sequence as well as the construction of a genome-wide microarray to survey gene expression profiles. To accommodate these new genomic data and house more comprehensive genomic information, we have reconstructed SilkDB database with new web interfaces. In the new version (v2.0) of SilkDB, we updated the genomic data, including genome assembly, gene annotation, chromosomal mapping, orthologous relationship and experiment data, such as microarray expression data, Expressed Sequence Tags (ESTs) and corresponding references. Several new tools, including SilkMap, Silkworm Chromosome Browser (SCB) and BmArray, are developed to access silkworm genomic data conveniently. SilkDB is publicly available at the new URL of http://www.silkdb.org.
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