GTDB-Tk: a toolkit to classify genomes with the Genome Taxonomy Database.
GTDB-Tk: a toolkit to classify genomes with the Genome Taxonomy Database.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btz848
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发表时间：
2019-11-15
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Parks DH
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Chaumeil PA;Mussig AJ;Hugenholtz P;Parks DH
基因组分类数据库工具包（GTDB-Tk）提供了基于GTDB的细菌和古细菌基因组的客观分类分配。GTDB-Tk计算效率高，能够并行分类数千个基因组草案。在这里，我们证明了GTDB-Tk的分类分配的准确性，通过评估其性能上的一组10 156个细菌和古细菌宏基因组组装的基因组。GTDB-Tk是用Python实现的，并在GNU通用公共许可证v3.0下获得许可。源代码和文档可在https://github.com/ecogenomics/gtdbtk上获得。 补充数据可在Bioinformatics在线获得。
The Genome Taxonomy Database Toolkit (GTDB-Tk) provides objective taxonomic assignments for bacterial and archaeal genomes based on the GTDB. GTDB-Tk is computationally efficient and able to classify thousands of draft genomes in parallel. Here we demonstrate the accuracy of the GTDB-Tk taxonomic assignments by evaluating its performance on a phylogenetically diverse set of 10 156 bacterial and archaeal metagenome-assembled genomes. GTDB-Tk is implemented in Python and licenced under the GNU General Public Licence v3.0. Source code and documentation are available at: https://github.com/ecogenomics/gtdbtk. Supplementary data are available at Bioinformatics online.
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影响因子：
14.9
作者：
Rodriguez-R LM;Gunturu S;Harvey WT;Rosselló-Mora R;Tiedje JM;Cole JR;Konstantinidis KT
通讯作者：
Konstantinidis KT
影响因子：
28.3
作者：
Parks, Donovan H.;Rinke, Christian;Tyson, Gene W.
通讯作者：
Tyson, Gene W.
DOI：
10.1073/pnas.0409727102
发表时间：
2005-02-15
影响因子：
11.1
作者：
Konstantinidis, KT;Tiedje, JM
通讯作者：
Tiedje, JM
影响因子：
16.6
作者：
Segata, Nicola;Boernigen, Daniela;Morgan, Xochitl C.;Huttenhower, Curtis
通讯作者：
Huttenhower, Curtis
对90K核基因组的高通量ANI分析揭示了清晰的物种边界。
影响因子：
16.6
作者：
Jain C;Rodriguez-R LM;Phillippy AM;Konstantinidis KT;Aluru S
通讯作者：
Aluru S