A platform for curated products from novel open reading frames prompts reinterpretation of disease variants.
A platform for curated products from novel open reading frames prompts reinterpretation of disease variants.
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来自新开放阅读框架的策展产品平台促使重新解释疾病变异。
DOI：
10.1101/gr.263202.120
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发表时间：
2021-03
期刊：
影响因子：
7
通讯作者：
Prabakaran S
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Neville MDC;Kohze R;Erady C;Meena N;Hayden M;Cooper DN;Mort M;Prabakaran S
蛋白质组学和深度大规模平行测序研究的最新证据表明，真核生物基因组包含大量尚未表征的开放阅读框（ORF）。我们将这些未表征的ORF定义为新的ORF（nORF）。人类的nORF大多数在100个密码子以下，存在于基因组的不同区域，包括长非编码RNA、假基因、3′ UTR、5′ UTR和典型蛋白质编码外显子的替代阅读框。因此，迫切需要在更大范围内评估这些未注释的转录本和蛋白质在生物途径和人类疾病中的潜在功能重要性，而不是一次一个。在这项研究中，我们概述了一个有价值的nORF数据集的创建与翻译的社区的实验证据，使用的遗传性和选择的措施，揭示信号的功能重要性，并显示潜在的影响nORF的遗传变异的功能解释。我们的研究结果表明，以前被归类为良性或不确定的意义的一些变异可能要重新解释。
Recent evidence from proteomics and deep massively parallel sequencing studies have revealed that eukaryotic genomes contain substantial numbers of as-yet-uncharacterized open reading frames (ORFs). We define these uncharacterized ORFs as novel ORFs (nORFs). nORFs in humans are mostly under 100 codons and are found in diverse regions of the genome, including in long noncoding RNAs, pseudogenes, 3′ UTRs, 5′ UTRs, and alternative reading frames of canonical protein coding exons. There is therefore a pressing need to evaluate the potential functional importance of these unannotated transcripts and proteins in biological pathways and human disease on a larger scale, rather than one at a time. In this study, we outline the creation of a valuable nORFs data set with experimental evidence of translation for the community, use measures of heritability and selection that reveal signals for functional importance, and show the potential implications for functional interpretation of genetic variants in nORFs. Our results indicate that some variants that were previously classified as being benign or of uncertain significance may have to be reinterpreted.
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影响因子：
7
作者：
Brunet MA;Levesque SA;Hunting DJ;Cohen AA;Roucou X
通讯作者：
Roucou X
影响因子：
64.8
作者：
Bycroft C;Freeman C;Petkova D;Band G;Elliott LT;Sharp K;Motyer A;Vukcevic D;Delaneau O;O'Connell J;Cortes A;Welsh S;Young A;Effingham M;McVean G;Leslie S;Allen N;Donnelly P;Marchini J
通讯作者：
Marchini J
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作者：
McLaren W;Gil L;Hunt SE;Riat HS;Ritchie GR;Thormann A;Flicek P;Cunningham F
通讯作者：
Cunningham F
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作者：
Gusev, Alexander;Lee, S. Hong;Price, Alkes L.
通讯作者：
Price, Alkes L.
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作者：
Bulik-Sullivan, Brendan K.;Loh, Po-Ru;Finucane, Hilary K.;Ripke, Stephan;Yang, Jian;Patterson, Nick;Daly, Mark J.;Price, Alkes L.;Neale, Benjamin M.
通讯作者：
Neale, Benjamin M.