Gene expression analysis in response to lung toxicants: I. Sequencing and microarray development.
Gene expression analysis in response to lung toxicants: I. Sequencing and microarray development.
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对肺毒物反应的基因表达分析：I.测序和微阵列开发。
DOI：
10.1165/rcmb.2003-0214oc
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发表时间：
2004
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Buckpitt,AlanR
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Shultz,MichaelA;Zhang,Lu;Gu,Yi-Zhong;Baker,GregoryL;Fannuchi,MichelleV;Padua,AllanM;Gurske,WilliamA;Morin,Dexter;Penn,SharronG;Jovanovich,StevanB;Plopper,CharlesG;Buckpitt,AlanR
在测量基因表达的变化，以应对部位选择性毒物的肺的一个关键挑战是区分靶标和非靶标区域。细胞毒物1-硝基萘的毒性高度局限于气道上皮。靶细胞仅占肺细胞总质量的一小部分；全肺匀浆的测量结果不太可能反映靶部位发生的情况。此外，使用通用微阵列来测量气道上皮的表达可能不能很好地代表毒性作用部位的转录本。对来自大鼠肺气道和肺泡亚室的cDNA文库进行测序，以开发代表这些肺区域的定制微阵列。我们确定了7,460个非冗余大鼠肺序列。该阵列上近30%的序列不存在于Affymetrix大鼠基因芯片230上。开发了一个20,000元素的微阵列，描绘了亚室之间基因表达的差异。这是采用该微阵列检测由1-硝基萘引起的急性损伤和随后修复过程中基因表达变化的一系列文章中的第一篇。
A key challenge in measuring gene expression changes in the lung in response to site-selective toxicants is differentiating between target and nontarget areas. The toxicity for the cytotoxicant 1-nitronaphthalene is highly localized in the airway epithelium. Target cells comprise but a fraction of the total lung cell mass; measurements from whole lung homogenates are not likely to reflect what occurs at the target site. Additionally, the use of generic microarrays to measure expression in airway epithelium may not provide a good representation of transcripts present at the site of toxic action. cDNA libraries from airway and alveolar subcompartments of rat lung were sequenced for the development of a custom microarray representative of these lung regions. We identified 7,460 nonredundant rat lung sequences. Nearly 30% of the sequences on this array are not present on the Affymetrix Rat GeneChip 230. A 20,000-element microarray was developed that delineates differences in gene expression between subcompartments. This is the first in a series of articles employing this microarray for detecting gene expression changes during acute injury produced by 1-nitronaphthalene and subsequent repair.
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T. E. Gram
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R. Paige;V. Wong;C. Plopper
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DOI：
10.1152/jappl.1992.73.3.817
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