Term-seq reveals abundant ribo-regulation of antibiotics resistance in bacteria.
Term-seq reveals abundant ribo-regulation of antibiotics resistance in bacteria.
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DOI：
10.1126/science.aad9822
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发表时间：
2016-04-08
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Sorek R
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Dar D;Shamir M;Mellin JR;Koutero M;Stern-Ginossar N;Cossart P;Sorek R
核糖开关和衰减剂是顺式调节的RNA元素，其中大多数通过代谢物介导的过早转录终止来控制细菌基因表达。我们开发了一种无偏见的实验方法，用于在细菌中发现这种核糖调节剂的全基因组。我们还设计了一个实验平台，该平台可以在定量地测量所有此类调节剂的体内活性，并可以快速筛选核糖调节剂，这些核糖调节剂对所选择的代谢产物做出反应。使用这种方法，我们检测到许多抗生素响应性的核糖调节剂，这些核糖核调节剂控制病原体和人类微生物组中的抗生素耐药基因。研究李斯特菌单核细胞增生的一种调节剂，揭示了一种由抗生素粘液核糖体介导的衰减机制。我们的结果暴露了有条件终止在调节抗生素耐药性方面的广泛作用，并为发现对新型配体反应的核糖开关和衰减器提供了一种工具。
Riboswitches and attenuators are cis-regulatory RNA elements, most of which control bacterial gene expression via metabolite-mediated, premature transcription termination. We developed an unbiased experimental approach for genome-wide discovery of such ribo-regulators in bacteria. We also devised an experimental platform that quantitatively measures the in-vivo activity of all such regulators in parallel, and enables rapid screening for ribo-regulators that respond to metabolites of choice. Using this approach we detected numerous antibiotic-responsive ribo-regulators that control antibiotic resistance genes in pathogens and in the human microbiome. Studying one such regulator in Listeria monocytogenes revealed an attenuation mechanism mediated by antibiotic-stalled ribosomes. Our results expose broad roles for conditional termination in regulating antibiotic resistance, and provide a tool for discovering riboswitches and attenuators that respond to novel ligands.
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影响因子：
56.3
作者：
de Noordhout, Charline Maertens;Devleesschauwer, Brecht;Angulo, Frederick J.;Verbeke, Geert;Haagsma, Juanita;Kirk, Martyn;Havelaar, Arie;Speybroeck, Niko
通讯作者：
Speybroeck, Niko
枯草芽孢杆菌和相关物种中转录终止剂的预测。
影响因子：
4.3
作者：
de Hoon, Michiel J L;Makita, Yuko;Nakai, Kenta;Miyano, Satoru
通讯作者：
Miyano, Satoru
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3.2
作者：
Burke, Thomas P.;Loukitcheva, Anastasia;Portnoy, Daniel A.
通讯作者：
Portnoy, Daniel A.
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作者：
Douthwaite, S;Crain, PF;Poehlsgaard, J
通讯作者：
Poehlsgaard, J
DOI：
10.1186/1748-7188-6-26
发表时间：
2011-11-24
期刊：
Algorithms for molecular biology : AMB
影响因子：
--
作者：
Lorenz R;Bernhart SH;Höner Zu Siederdissen C;Tafer H;Flamm C;Stadler PF;Hofacker IL
通讯作者：
Hofacker IL