STRIDE: a command-line HMM-based identifier and sub-classifier of Plasmodium falciparum RIFIN and STEVOR variant surface antigen families.
STRIDE: a command-line HMM-based identifier and sub-classifier of Plasmodium falciparum RIFIN and STEVOR variant surface antigen families.
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STRIDE：恶性疟原虫RIFIN和STEVOR变体表面抗原家族的基于HMM的命令行识别符和子分类器。
DOI：
10.1186/s12859-021-04515-8
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发表时间：
2022-01-06
影响因子：
3
通讯作者：
Travassos MA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zhou AE;Shah ZV;Bradwell KR;Munro JB;Berry AA;Serre D;Takala-Harrison S;O'Connor TD;Silva JC;Travassos MA
RIFINs和STEVORs是恶性疟原虫表达的变异表面抗原，在严重疟疾发病和免疫逃逸中起作用。这两个高度多样化的多基因家族具有多个相似之处，使得使用传统的生物信息学方法对它们进行分类具有挑战性。STRIDE （STevor and RIfin iDEntifier）是一个基于hmm的命令行程序，可自动识别和分类恶性疟原虫中的RIfin和STevor蛋白序列。STRIDE在检测RIFINs和STEVORs方面比现有的PFAM和TIGRFAM工具更敏感，并报告了与严重疟疾发病机制相关的RIFIN亚型和带有FHEYDER氨基酸基序的序列数量。STRIDE将有助于疟疾研究小组分析临床分离株的基因组序列和转录本，从而深入了解寄生虫生物学和毒力。在线版本包含补充材料，可在10.1186/s12859-021-04515-8获得。
RIFINs and STEVORs are variant surface antigens expressed by P. falciparum that play roles in severe malaria pathogenesis and immune evasion. These two highly diverse multigene families feature multiple paralogs, making their classification challenging using traditional bioinformatic methods. STRIDE (STevor and RIfin iDEntifier) is an HMM-based, command-line program that automates the identification and classification of RIFIN and STEVOR protein sequences in the malaria parasite Plasmodium falciparum. STRIDE is more sensitive in detecting RIFINs and STEVORs than available PFAM and TIGRFAM tools and reports RIFIN subtypes and the number of sequences with a FHEYDER amino acid motif, which has been associated with severe malaria pathogenesis. STRIDE will be beneficial to malaria research groups analyzing genome sequences and transcripts of clinical field isolates, providing insight into parasite biology and virulence. The online version contains supplementary material available at 10.1186/s12859-021-04515-8.
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