A rapid and inexpensive labeling method for microarray gene expression analysis.
A rapid and inexpensive labeling method for microarray gene expression analysis.
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DOI：
10.1186/1472-6750-9-97
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发表时间：
2009-11-25
影响因子：
3.5
通讯作者：
Mukhopadhyay A
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ouellet M;Adams PD;Keasling JD;Mukhopadhyay A
利用DNA微阵列进行全球基因表达谱分析是生物学研究中一种非常有价值的工具。然而，现有的标记方法既耗时又昂贵，因此往往限制了微阵列实验的规模和样品吞吐量。在这里，我们介绍了一种新的、快速、廉价的用于基因表达分析的真核基因直接随机引发荧光标记方法，并将在NimbleGen微阵列平台上获得的结果与另外两种广泛使用的标记方法，即NimbleGen推荐的双链cDNA法和间接(氨基烯丙基)法进行了比较。每种方法标记两个总RNA样本，并与NimbleGen表达阵列杂交。尽管这里测试的所有方法都提供了相似的全局结果和生物学结论，但与其他方法相比，新的直接随机启动的cDNA标记方法提供了略好的重复之间的相关性，从而提高了发现有统计学意义的差异表达基因的能力。介绍了一种适用于基因表达微阵列的新的随机扩增的直接标记方法，为现有方法提供了一种快速、廉价的替代方法。使用NimbleGen微阵列，该方法产生了与其他方法相媲美的优秀结果。然而，新方法的简单性和成本效益允许增加微阵列实验中的样品吞吐量，并使该过程能够通过相对简单的液体处理系统实现自动化。
Global gene expression profiling by DNA microarrays is an invaluable tool in biological research. However, existing labeling methods are time consuming and costly and therefore often limit the scale of microarray experiments and sample throughput. Here we introduce a new, fast, inexpensive method for direct random-primed fluorescent labeling of eukaryotic cDNA for gene expression analysis and compare the results obtained on the NimbleGen microarray platform with two other widely-used labeling methods, namely the NimbleGen-recommended double-stranded cDNA protocol and the indirect (aminoallyl) method. Two total RNA samples were labeled with each method and hybridized to NimbleGen expression arrays. Although all methods tested here provided similar global results and biological conclusions, the new direct random-primed cDNA labeling method provided slightly better correlation between replicates compared to the other methods and thus increased ability to find statistically significant differentially expressed genes. The new direct random-primed cDNA labeling method introduced here is suitable for gene expression microarrays and provides a rapid, inexpensive alternative to existing methods. Using NimbleGen microarrays, the method produced excellent results comparable to those obtained with other methods. However, the simplicity and cost-effectiveness of the new method allows for increased sample throughput in microarray experiments and makes the process amenable to automation with a relatively simple liquid handling system.
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