Deciphering the molecular basis of tissue-specific gene expression in plants: Can synthetic biology help?
Deciphering the molecular basis of tissue-specific gene expression in plants: Can synthetic biology help?
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DOI：
10.1016/j.pbi.2022.102241
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发表时间：
2022-08
影响因子：
9.5
通讯作者：
Stepanova, Anna N.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Yaschenko, Anna E.;Fenech, Mario;Mazzoni-Putman, Serina;Alonso, Jose M.;Stepanova, Anna N.
关键词：
不同细胞类型之间的基因表达差异是由作用于基因组的特定转录因子和表观遗传调节因子组协调的。在植物中，组织特异性基因活性的潜在机制在很大程度上尚未探索。尽管单个器官、组织以及最近的单细胞的转录和表观遗传分析可以很容易地检测到不同生物样品的分子特征，但这些独特的细胞身份是如何在机制层面上建立起来的，这才刚刚开始被解码。计算方法，包括机器学习，与实验方法结合使用，能够识别和验证驱动细胞特异性表达的候选顺式调控元件。合成生物学不仅作为测试候选DNA基序的一种手段，而且还为建立自然驱动启动子结构的一般规则以及为研究和农业中的遗传电路的合理设计提供组织特异性表达的基因或感兴趣的分子途径。
Gene expression differences between distinct cell types are orchestrated by specific sets of transcription factors and epigenetic regulators acting upon the genome. In plants, the mechanisms underlying tissue-specific gene activity remain largely unexplored. Although transcriptional and epigenetic profiling of individual organs, tissues, and more recently, of single cells can easily detect the molecular signatures of different biological samples, how these unique cell identities are established at the mechanistic level is only beginning to be decoded. Computational methods, including machine learning, used in combination with experimental approaches enable the identification and validation of candidate cis-regulatory elements driving cell-specific expression. Synthetic biology shows great promise not only as a means of testing candidate DNA motifs, but also for establishing the general rules of nature driving promoter architecture and for the rational design of genetic circuits in research and agriculture to confer tissue-specific expression to genes or molecular pathways of interest.
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影响因子：
16.6
作者：
Dorrity MW;Alexandre CM;Hamm MO;Vigil AL;Fields S;Queitsch C;Cuperus JT
通讯作者：
Cuperus JT
DOI：
10.1073/pnas.1716945115
发表时间：
2018-02-27
影响因子：
11.1
作者：
Gallego-Bartolomé J;Gardiner J;Liu W;Papikian A;Ghoshal B;Kuo HY;Zhao JM;Segal DJ;Jacobsen SE
通讯作者：
Jacobsen SE
DOI：
10.1073/pnas.1316278111
发表时间：
2014-02-11
影响因子：
11.1
作者：
Franco-Zorrilla, Jose M.;Lopez-Vidriero, Irene;Solano, Roberto
通讯作者：
Solano, Roberto
影响因子：
1.6
作者：
BONNER, WA;SWEET, RG;HERZENBERG, LA
通讯作者：
HERZENBERG, LA
影响因子：
3
作者：
ELMAYAN, T;TEPFER, M
通讯作者：
TEPFER, M