Transcription factor networks in Drosophila melanogaster.
Transcription factor networks in Drosophila melanogaster.
复制标题
DOI：
10.1016/j.celrep.2014.08.038
复制
发表时间：
2014-09-25
期刊：
影响因子：
8.8
通讯作者：
Artavanis-Tsakonas S
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Rhee DY;Cho DY;Zhai B;Slattery M;Ma L;Mintseris J;Wong CY;White KP;Celniker SE;Przytycka TM;Gygi SP;Obar RA;Artavanis-Tsakonas S
特定的细胞命运和功能取决于差异基因表达，这主要发生在转录水平，由转录因子的复杂调控网络控制。转录因子通过与其他转录因子、辅助因子和染色质重塑蛋白的组合相互作用发挥作用。我们提出了一项对 459 个果蝇转录相关因子的研究，使用共亲和纯化质谱方法定义了蛋白质-蛋白质相互作用，约占已建立的转录因子目录的一半。我们在体内探测这个网络，展示了许多相互作用蛋白质的功能相互作用，测试了我们数据集的预测价值。在这些分析的基础上，我们将调控网络推理模型与物理相互作用相结合，定义一个集成网络，将组合转录因子蛋白相互作用连接到细胞的转录调控网络。我们使用这个集成网络作为工具来连接与 mastermind（Notch 通路的转录辅助因子）相关的遗传修饰剂的功能网络。
Specific cellular fates and functions depend on differential gene expression, which occurs primarily at the transcriptional level, controlled by complex regulatory networks of transcription factors. Transcription factors act through combinatorial interactions with other transcription factors, co-factors and chromatin-remodelling proteins. We present a study of 459 Drosophila melanogaster transcription related factors, defining protein-protein interactions using a co-affinity purification mass spectrometry methodology, representing approximately half of the established catalogue of transcription factors. We probe this network in vivo, demonstrating functional interactions for many interacting proteins testing the predictive value for our data set. Building on these analyses, we combine regulatory network inference models with physical interactions to define an integrated network, connecting combinatorial transcription factor protein interactions to the transcriptional regulatory network of the cell. We use this integrated network as a tool to connect the functional network of genetic modifiers related to mastermind, a transcriptional co-factor of the Notch pathway.
登录
查看更多内容
影响因子：
7.3
作者：
Friedman AA;Tucker G;Singh R;Yan D;Vinayagam A;Hu Y;Binari R;Hong P;Sun X;Porto M;Pacifico S;Murali T;Finley RL Jr;Asara JM;Berger B;Perrimon N
通讯作者：
Perrimon N
影响因子：
10.5
作者：
Cole, Megan F.;Johnstone, Sarah E.;Young, Richard A.
通讯作者：
Young, Richard A.
影响因子：
4.4
作者：
Eng, Jimmy K.;Fischer, Bernd;MacCoss, Michael J.
通讯作者：
MacCoss, Michael J.
影响因子：
5.8
作者：
Adryan, Boris;Teichmann, Sarah A.
通讯作者：
Teichmann, Sarah A.
影响因子：
--
作者：
Grove, Christian A.;Walhout, Albertha J. M.
通讯作者：
Walhout, Albertha J. M.