Reading DNA at single-nucleotide resolution with a mutant MspA nanopore and phi29 DNA polymerase.
Reading DNA at single-nucleotide resolution with a mutant MspA nanopore and phi29 DNA polymerase.
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DOI：
10.1038/nbt.2171
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发表时间：
2012-03-25
影响因子：
46.9
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
纳米孔技术正在开发中，用于通过检测DNA通过孔收缩时的离子电流调制来快速和直接测序单个DNA分子。在这里，我们证明了解决对应于一个已知的DNA序列的电流变化的能力相结合的高灵敏度的突变形式的蛋白孔耻垢分枝杆菌孔蛋白A（MspA）与phi 29 DNA聚合酶（DNAP），它控制通过孔的DNA易位率。由于phi 29 DNAP合成DNA并像马达一样发挥作用以拉动单链模板通过MspA，因此我们观察到分辨率良好且可重现的离子电流水平，其中值持续时间约为28 ms，离子电流差异高达40 pA。使用六个不同的DNA序列，可读区域为42-53个核苷酸长，我们记录了映射到已知DNA序列的电流轨迹。凭借单核苷酸分辨率和DNA易位控制，该系统将解决方案集成到纳米孔测序的两个长期障碍中。
Nanopore technologies are being developed for fast and direct sequencing of single DNA molecules through detection of ionic current modulations as DNA passes through a pore’s constriction. Here we demonstrate the ability to resolve changes in current that correspond to a known DNA sequence by combining the high sensitivity of a mutated form of the protein pore Mycobacterium smegmatis porin A (MspA) with phi29 DNA polymerase (DNAP), which controls the rate of DNA translocation through the pore. As phi29 DNAP synthesizes DNA and functions like a motor to pull a single-stranded template through MspA, we observe well-resolved and reproducible ionic current levels with median durations of ~28 ms and ionic current differences of up to 40 pA. Using six different DNA sequences with readable regions 42–53 nucleotides long, we record current traces that map to the known DNA sequences. With single-nucleotide resolution and DNA translocation control, this system integrates solutions to two long-standing hurdles to nanopore sequencing.
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影响因子：
15
作者：
Hurt N;Wang H;Akeson M;Lieberman KR
通讯作者：
Lieberman KR
影响因子：
15
作者：
Lieberman KR;Cherf GM;Doody MJ;Olasagasti F;Kolodji Y;Akeson M
通讯作者：
Akeson M
DOI：
10.1073/pnas.1001831107
发表时间：
2010-09-14
影响因子：
11.1
作者：
Derrington, Ian M.;Butler, Tom Z.;Gundlach, Jens H.
通讯作者：
Gundlach, Jens H.
影响因子：
46.9
作者：
通讯作者：
--
DOI：
10.1073/pnas.93.24.13770
发表时间：
1996-11-26
影响因子：
11.1
作者：
Kasianowicz, JJ;Brandin, E;Deamer, DW
通讯作者：
Deamer, DW