Tetrahymena functional genomics database (TetraFGD): an integrated resource for Tetrahymena functional genomics.
Tetrahymena functional genomics database (TetraFGD): an integrated resource for Tetrahymena functional genomics.
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DOI：
10.1093/database/bat008
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发表时间：
2013
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Miao W
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Xiong J;Lu Y;Feng J;Yuan D;Tian M;Chang Y;Fu C;Wang G;Zeng H;Miao W
纤毛原生动物嗜热四膜虫是研究真核细胞和分子生物学的一种有用的单细胞模式生物。对嗜热四膜虫的研究促成了一系列显著的基础生物学原理。在其大核基因组测序完成后，嗜热四膜虫的功能基因组学研究取得了重大进展，包括对嗜热四膜虫生命周期的全基因组微阵列分析、基于微阵列数据的嗜热四膜虫基因网络分析以及通过深度RNA测序进行的转录组分析。为了满足四膜虫研究群体日益增长的需求，我们整合了这些数据以提供一个公共访问数据库：四膜虫功能基因组学数据库（TetraFGD）。TetraFGD包含三个主要资源，包括RNA - Seq转录组、微阵列和基因网络。RNA - Seq数据定义了基因结构和转录组，特别强调外显子 - 内含子边界；微阵列数据描述了嗜热四膜虫生命周期三个主要阶段中20个时间点的基因表达；基因网络数据确定了15049个基因的潜在基因 - 基因相互作用。TetraFGD提供了用户友好的搜索功能，帮助研究人员获取基因模型、转录本、基因表达数据以及基因 - 基因关系。总之，对于专注于四膜虫或其他纤毛虫的研究人员来说，TetraFGD是一个重要的功能基因组资源。
数据库网址：http://tfgd.ihb.ac.cn/
The ciliated protozoan Tetrahymena thermophila is a useful unicellular model organism for studies of eukaryotic cellular and molecular biology. Researches on T. thermophila have contributed to a series of remarkable basic biological principles. After the macronuclear genome was sequenced, substantial progress has been made in functional genomics research on T. thermophila, including genome-wide microarray analysis of the T. thermophila life cycle, a T. thermophila gene network analysis based on the microarray data and transcriptome analysis by deep RNA sequencing. To meet the growing demands for the Tetrahymena research community, we integrated these data to provide a public access database: Tetrahymena functional genomics database (TetraFGD). TetraFGD contains three major resources, including the RNA-Seq transcriptome, microarray and gene networks. The RNA-Seq data define gene structures and transcriptome, with special emphasis on exon–intron boundaries; the microarray data describe gene expression of 20 time points during three major stages of the T. thermophila life cycle; the gene network data identify potential gene–gene interactions of 15 049 genes. The TetraFGD provides user-friendly search functions that assist researchers in accessing gene models, transcripts, gene expression data and gene–gene relationships. In conclusion, the TetraFGD is an important functional genomic resource for researchers who focus on the Tetrahymena or other ciliates. Database URL: http://tfgd.ihb.ac.cn/
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btq675
发表时间：
2011-02-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Smoot ME;Ono K;Ruscheinski J;Wang PL;Ideker T
通讯作者：
Ideker T
影响因子：
56.9
作者：
GIBBONS, IR;ROWE, AJ
通讯作者：
ROWE, AJ
影响因子：
3.7
作者：
Xiong J;Yuan D;Fillingham JS;Garg J;Lu X;Chang Y;Liu Y;Fu C;Pearlman RE;Miao W
通讯作者：
Miao W
影响因子：
9.8
作者：
Eisen JA;Coyne RS;Wu M;Wu D;Thiagarajan M;Wortman JR;Badger JH;Ren Q;Amedeo P;Jones KM;Tallon LJ;Delcher AL;Salzberg SL;Silva JC;Haas BJ;Majoros WH;Farzad M;Carlton JM;Smith RK Jr;Garg J;Pearlman RE;Karrer KM;Sun L;Manning G;Elde NC;Turkewitz AP;Asai DJ;Wilkes DE;Wang Y;Cai H;Collins K;Stewart BA;Lee SR;Wilamowska K;Weinberg Z;Ruzzo WL;Wloga D;Gaertig J;Frankel J;Tsao CC;Gorovsky MA;Keeling PJ;Waller RF;Patron NJ;Cherry JM;Stover NA;Krieger CJ;del Toro C;Ryder HF;Williamson SC;Barbeau RA;Hamilton EP;Orias E
通讯作者：
Orias E
DOI：
10.1093/database/bas007
发表时间：
2012
期刊：
Database : the journal of biological databases and curation
影响因子：
--
作者：
Stover NA;Punia RS;Bowen MS;Dolins SB;Clark TG
通讯作者：
Clark TG