SDM-Assist software to design site-directed mutagenesis primers introducing "silent" restriction sites.
SDM-Assist software to design site-directed mutagenesis primers introducing "silent" restriction sites.
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DOI：
10.1186/1471-2105-14-105
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发表时间：
2013-03-22
影响因子：
3
通讯作者：
Grefen C
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Karnik A;Karnik R;Grefen C
在过去的几十年中，定点突变（SDM）已成为生物结构-功能研究中不可或缺的工具。原则上，SDM在PCR反应中使用经修饰的引物对以在cDNA插入物中引入突变。在E.然而，该方法效率低下，导致只能通过测序与突变克隆区分的未突变克隆。我们已经开发了一个程序- 'SDM-辅助'，它创建SDM引物，添加一个特定的标识符：通过额外的沉默突变，包括一个限制性位点或去除之前的一个，这允许通过简单的限制性消化高效地识别'突变克隆'。SDM克隆的直接鉴定将为研究人员节省时间和金钱。SDM-Assist还根据Tm、GC含量和二级结构等因素对引物进行评分，从而简化了最佳引物对的选择。
Over the past decades site-directed mutagenesis (SDM) has become an indispensable tool for biological structure-function studies. In principle, SDM uses modified primer pairs in a PCR reaction to introduce a mutation in a cDNA insert. DpnI digestion of the reaction mixture is used to eliminate template copies before amplification in E. coli; however, this process is inefficient resulting in un-mutated clones which can only be distinguished from mutant clones by sequencing. We have developed a program – ‘SDM-Assist’ which creates SDM primers adding a specific identifier: through additional silent mutations a restriction site is included or a previous one removed which allows for highly efficient identification of ‘mutated clones’ by a simple restriction digest. The direct identification of SDM clones will save time and money for researchers. SDM-Assist also scores the primers based on factors such as Tm, GC content and secondary structure allowing for simplified selection of optimal primer pairs.
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影响因子：
2.7
作者：
Wang, WY;Malcolm, BA
通讯作者：
Malcolm, BA
影响因子：
3.3
作者：
TANG, WM;RUKNUDIN, A;KURTZ, S
通讯作者：
KURTZ, S
影响因子：
2.7
作者：
Turchin, A;Lawler, JF
通讯作者：
Lawler, JF
DOI：
10.1073/pnas.83.24.9373
发表时间：
1986-12-01
影响因子：
11.1
作者：
FREIER, SM;KIERZEK, R;TURNER, DH
通讯作者：
TURNER, DH
影响因子：
11.6
作者：
Grefen, Christopher;Chen, Zhonghua;Blatt, Michael R.
通讯作者：
Blatt, Michael R.