Functional annotation of uncharacterized two-substrate enzymes

未表征的双底物酶的功能注释

• 批准号: 108543916
• 负责人: Dr. Patrick Babinger
• 金额: --
• 依托单位: Lehrstuhl für Biochemie
• 依托单位国家: 德国
• 项目类别: Research Grants
• 财政年份: 2009
• 资助国家: 德国
• 起止时间: 2008-12-31 至 2010-12-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://gepris.dfg.de/gepris/projekt/108543916?language=en
• 关键词: Functional; annotation; uncharacterized; two; substrate

Die in den letzten Jahren massenhaft durchgeführte Sequenzierung mikrobieller Genome führte zur Identifizierung zahlreicher unbekannter Gene. Die Funktionsaufklärung der von diesen Genen kodierten Proteine ist eine schwierige und zugleich wichtige Herausforderung der molekularen Biologie. Insbesondere die Entdeckung neuer Enzyme verspricht Einblicke in bisher unbekannte Bereiche des zellulären Metabolismus und in die molekulare Evolution von Proteinen. Wir möchten dieses Problem mit einem neuartigen Ansatz angehen, in dem wir uns auf Enzyme konzentrieren, die zwei Substrate – ein bekanntes und ein unbekanntes – umsetzen. Dazu werden wir das bekannte Substrat radioaktiv markieren und zusammen mit dem rekombinant hergestellten Enzym unbekannter Funktion in einem proteinfreien Zellextrakt inkubieren, der das unbekannte Substrat bereitstellt. Nach dem Umsatz der beiden Substrate durch das Enzym wird das Produkt mit Hilfe seiner Markierung über HPLC aus dem Zellextrakt gereinigt und anschließend mittels Massenspektrometrie und NMR identifiziert. In Vorarbeiten konnten wir die Durchführbarkeit dieses Ansatzes anhand eines Enzyms bekannter Funktion zeigen und wollen ihn nun auf zwei Enzyme (PcrB und TrpB2o) anwenden, die in Struktur und Sequenz Ähnlichkeiten zu zwei von uns charakterisierten Enzymen aus der Biosynthese von Histidin und Tryptophan (HisF und TrpB1) haben, aber andere und bisher unbekannte Funktionen ausüben. Diese Untersuchungen werden ergänzt durch die Analyse von knock-out Stämmen, in denen die pcrB- bzw. trpB2o- Gene deletiert wurden und deren Wachstumsverhalten weitere Einsichten in die Funktion dieser beiden Enzyme verspricht.

死亡在十年前的大规模测序中，基因组将被识别为基因。蛋白质的功能是分子生物学中的重要组成部分。酶在蛋白质代谢和分子进化中的应用。 Wir möchten dieses Problem mit einem neuartigen Ansatz angehen, in dem wir uns auf Enzyme konzentrieren, die zwei Substrate – ein bekanntes und ein unbekanntes – umsetzen.在此基础上，底物放射性标记和组合物与重组体酶一起使用，酶在无蛋白质的酶中发挥作用，并在底物中发挥作用。 Nach dem Umsatz der beiden under the Enzym wird das produkt mit Hilfe seiner Markierung HPLC aus dem Zellextrakt gereinigt and anschließend mittels Massenspektrometrie and NMR identifiziert. In Vorarbeiten konnten wir die Durchführbarkeit dieses ansatzes anhand eines bekannter Funktion zeigen und wollen ihn nun auf zwei Enzyme (PcrB und TrpB2o) anwenden, die in Struktur und Sequenz ähnlihkeiten zu zwei von uns charakterisierten 组氨酸和色氨酸生物合成酶（HisF 和 TrpB1）具有以下功能：我们将在 pcrB-bzw 中分析淘汰 Stämmen 的情况。 trpB2o- 基因在酶的功能中被删除。