Protein Diffusion and Interaction in Concentrated DNA Solutions

浓缩 DNA 溶液中的蛋白质扩散和相互作用

基本信息

  • 批准号:
    9728165
  • 负责人:
  • 金额:
    $ 33万
  • 依托单位:
  • 依托单位国家:
    美国
  • 项目类别:
    Continuing Grant
  • 财政年份:
    1998
  • 资助国家:
    美国
  • 起止时间:
    1998-01-15 至 2001-12-31
  • 项目状态:
    已结题

项目摘要

9728165 Bloomfield DNA functions in crowded, strongly interacting solutions, mainly while interacting with proteins. The equilibrium and dynamic aspects of protein-DNA interactions are strongly influenced by the environment. When the volume occupancy of a solution reaches more than thirty percent, as it does within cells, simple extrapolations from dilute solution behavior become totally inadequate. The goal in this project is to develop a better experimental and theoretical understanding of the ways in which high concentrations of DNA and other polymers influence the diffusional dynamics of proteins which bind to DNA. The three specific aim are (1) To characterize the diffusional motion of proteins within a crowded DNA environment and in DNA solutions which also contain crowding agents such as dextran, Ficoll, and PEG, so as to understand the effects of excluded volume, ionic interactions, and specific binding interactions. (2) To determine how crowding influences the relative importance of one-dimensional and three-dimensional diffusion in the action of restriction enzymes. (3) To use Brownian dynamics simulation of protein diffusion in crowded DNA solutions, to gain insight into the ways in which ionic strength-dependent volume exclusion and nonspecific binding affect the search of regulatory proteins for their specific binding sites. The major tools will be fluorescence photobleaching recovery and dynamic light scattering to measure diffusion, gel electrophoresis to follow kinetics of restriction enzyme action, and Brownian dynamics to simulate diffusion in complex, interacting systems. The general significance of this research is to gain insight into the effect of the crowded, strongly interacting conditions prevailing inside cells, and how these conditions affect the dynamic diffusion and reaction processes involved in gene regulation. ***
9728165布卢姆菲尔德DNA功能在拥挤的,强烈的相互作用的解决方案,主要是当与蛋白质相互作用。 蛋白质-DNA相互作用的平衡和动态方面受到环境的强烈影响。当溶液的体积占有率达到30%以上时,就像在细胞内一样,从稀溶液的行为进行简单的外推就变得完全不够了。 该项目的目标是更好地从实验和理论上理解高浓度DNA和其他聚合物影响与DNA结合的蛋白质的扩散动力学的方式。 这三个具体的目标是:(1)表征蛋白质在拥挤的DNA环境中的扩散运动,以及在还含有拥挤剂如葡聚糖、Ficoll和PEG的DNA溶液中的扩散运动,以便理解排斥体积、离子相互作用和特异性结合相互作用的影响。(2)确定拥挤如何影响限制性内切酶作用中一维和三维扩散的相对重要性。 (3)使用布朗动力学模拟拥挤的DNA溶液中的蛋白质扩散,以深入了解离子强度依赖的体积排阻和非特异性结合影响调节蛋白质的特异性结合位点的搜索的方式。 主要工具将是荧光光漂白恢复和动态光散射测量扩散,凝胶电泳遵循限制酶作用的动力学,布朗动力学模拟复杂的相互作用系统中的扩散。 这项研究的一般意义在于深入了解细胞内拥挤的、强烈相互作用的条件的影响,以及这些条件如何影响基因调控中涉及的动态扩散和反应过程。 ***

项目成果

期刊论文数量(0)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)

数据更新时间:{{ journalArticles.updateTime }}

{{ item.title }}
{{ item.translation_title }}
  • DOI:
    {{ item.doi }}
  • 发表时间:
    {{ item.publish_year }}
  • 期刊:
  • 影响因子:
    {{ item.factor }}
  • 作者:
    {{ item.authors }}
  • 通讯作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ journalArticles.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ monograph.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ sciAawards.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ conferencePapers.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ patent.updateTime }}

Victor Bloomfield其他文献

Abortive Complexes in Dehydrogenase Reactions
  • DOI:
    10.1016/s0021-9258(18)67902-5
  • 发表时间:
    1963-08-01
  • 期刊:
  • 影响因子:
  • 作者:
    Victor Bloomfield;Robert A. Alberty
  • 通讯作者:
    Robert A. Alberty
Teaching molecular biophysics at the graduate level
  • DOI:
    10.1016/s0006-3495(92)81726-5
  • 发表时间:
    1992-11-01
  • 期刊:
  • 影响因子:
  • 作者:
    Norma Allewell;Victor Bloomfield
  • 通讯作者:
    Victor Bloomfield

Victor Bloomfield的其他文献

{{ item.title }}
{{ item.translation_title }}
  • DOI:
    {{ item.doi }}
  • 发表时间:
    {{ item.publish_year }}
  • 期刊:
  • 影响因子:
    {{ item.factor }}
  • 作者:
    {{ item.authors }}
  • 通讯作者:
    {{ item.author }}

{{ truncateString('Victor Bloomfield', 18)}}的其他基金

DNA Dynamics in Concentrated Solutions
浓缩溶液中的 DNA 动力学
  • 批准号:
    9418053
  • 财政年份:
    1995
  • 资助金额:
    $ 33万
  • 项目类别:
    Continuing Grant
DNA Dynamics in Strongly Interacting Solutions
强相互作用解决方案中的 DNA 动力学
  • 批准号:
    9105910
  • 财政年份:
    1991
  • 资助金额:
    $ 33万
  • 项目类别:
    Continuing Grant
Light Scattering Studies of DNA Dynamics
DNA 动力学的光散射研究
  • 批准号:
    8816433
  • 财政年份:
    1989
  • 资助金额:
    $ 33万
  • 项目类别:
    Standard Grant
Light Scattering Studies of DNA Dynamics
DNA 动力学的光散射研究
  • 批准号:
    8416305
  • 财政年份:
    1985
  • 资助金额:
    $ 33万
  • 项目类别:
    Continuing Grant
Planning Grant Proposal to Develop an Industry-University Cooperative Research Center For Biological Process Technology
筹建生物过程技术产学合作研究中心资助提案
  • 批准号:
    8408155
  • 财政年份:
    1984
  • 资助金额:
    $ 33万
  • 项目类别:
    Standard Grant
Hydrodynamics of Complex Biological Macromolecules
复杂生物大分子的流体动力学
  • 批准号:
    8118107
  • 财政年份:
    1982
  • 资助金额:
    $ 33万
  • 项目类别:
    Continuing Grant
Hydrodynamics of Complex Biological Macromolecules
复杂生物大分子的流体动力学
  • 批准号:
    7806777
  • 财政年份:
    1978
  • 资助金额:
    $ 33万
  • 项目类别:
    Continuing Grant
Hydrodynamics of Complex Biological Macromolecules
复杂生物大分子的流体动力学
  • 批准号:
    7522728
  • 财政年份:
    1975
  • 资助金额:
    $ 33万
  • 项目类别:
    Standard Grant

相似国自然基金

带drift-diffusion项的抛物型偏微分方程组的能控性与能稳性
  • 批准号:
    61573012
  • 批准年份:
    2015
  • 资助金额:
    49.0 万元
  • 项目类别:
    面上项目
Levy过程驱动的随机Fast-Diffusion方程的Harnack不等式及其应用
  • 批准号:
    11126079
  • 批准年份:
    2011
  • 资助金额:
    3.0 万元
  • 项目类别:
    数学天元基金项目

相似海外基金

Anomalous diffusion via self-interaction and reflection
通过自相互作用和反射的异常扩散
  • 批准号:
    EP/W00657X/1
  • 财政年份:
    2022
  • 资助金额:
    $ 33万
  • 项目类别:
    Research Grant
Anomalous diffusion via self-interaction and reflection
通过自相互作用和反射的异常扩散
  • 批准号:
    EP/W006227/1
  • 财政年份:
    2022
  • 资助金额:
    $ 33万
  • 项目类别:
    Research Grant
A Novel Methodology to Characterize Liquid Water Interaction with Fibrous PEMFC Gas Diffusion Layer: from Experiment to Modeling
表征液态水与纤维质子交换膜燃料电池气体扩散层相互作用的新方法:从实验到建模
  • 批准号:
    501238-2016
  • 财政年份:
    2018
  • 资助金额:
    $ 33万
  • 项目类别:
    Vanier Canada Graduate Scholarship Tri-Council - Doctoral 3 years
A Novel Methodology to Characterize Liquid Water Interaction with Fibrous PEMFC Gas Diffusion Layer: from Experiment to Modeling
表征液态水与纤维质子交换膜燃料电池气体扩散层相互作用的新方法:从实验到建模
  • 批准号:
    501238-2016
  • 财政年份:
    2017
  • 资助金额:
    $ 33万
  • 项目类别:
    Vanier Canada Graduate Scholarship Tri-Council - Doctoral 3 years
The diffusion process with outcomes of industry-academia-government collaboration:the result of the interaction between technological knowledge and social systems
产学官合作成果的扩散过程:技术知识与社会系统互动的结果
  • 批准号:
    17K03984
  • 财政年份:
    2017
  • 资助金额:
    $ 33万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
Development of novel time-resolved diffusion method and application to detection of protein conformation and intermolecular interaction
新型时间分辨扩散方法的开发及其在蛋白质构象和分子间相互作用检测中的应用
  • 批准号:
    17H03008
  • 财政年份:
    2017
  • 资助金额:
    $ 33万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
A Novel Methodology to Characterize Liquid Water Interaction with Fibrous PEMFC Gas Diffusion Layer: from Experiment to Modeling
表征液态水与纤维质子交换膜燃料电池气体扩散层相互作用的新方法:从实验到建模
  • 批准号:
    501238-2016
  • 财政年份:
    2016
  • 资助金额:
    $ 33万
  • 项目类别:
    Vanier Canada Graduate Scholarship Tri-Council - Doctoral 3 years
Interaction between anti-freeze protein and ice: dynamics of diffusion and adsorption
抗冻蛋白与冰之间的相互作用:扩散和吸附动力学
  • 批准号:
    16K13672
  • 财政年份:
    2016
  • 资助金额:
    $ 33万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
Diffusion and sharing of news content in the social web - Interaction of mass and interpersonal communication
新闻内容在社交网络中的传播与分享——大众与人际传播的互动
  • 批准号:
    189885938
  • 财政年份:
    2011
  • 资助金额:
    $ 33万
  • 项目类别:
    Research Units
Development of the reliable methods to detect the interaction of proteins and ligands using diffusion of molecules
开发利用分子扩散检测蛋白质和配体相互作用的可靠方法
  • 批准号:
    15550076
  • 财政年份:
    2003
  • 资助金额:
    $ 33万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
{{ showInfoDetail.title }}

作者:{{ showInfoDetail.author }}

知道了