Multi-User Cyanobacterial Resource (MCR)

多用户蓝藻资源 (MCR)

基本信息

  • 批准号:
    0084457
  • 负责人:
  • 金额:
    $ 24.99万
  • 依托单位:
  • 依托单位国家:
    美国
  • 项目类别:
    Standard Grant
  • 财政年份:
    2000
  • 资助国家:
    美国
  • 起止时间:
    2000-09-01 至 2002-08-31
  • 项目状态:
    已结题

项目摘要

The Synechocystis sp. PCC6803 genomic sequence will be used to develop DNA microarrays, thus enabling efficient techniques to monitor global patterns of differential transcription in this important model system. The project will produce and utilize a PCR-generated gene set representing the entire 3168 genes of the Synechocystis sp. PCC6803 genome, a unicellular, transformable cyanobacterium that is an important model organism for the study of photosynthesis and environmental gene regulation. The amplified gene set will be arrayed on microscope slides to be probed with fluorescently-labeled cDNA produced from mRNA for the purpose of analyzing global patterns of differential transcriptional activity. The PCR-generated gene set will have utility beyond the primary application of differential transcriptional profiling, because the PCR amplification oligonucleotides incorporate a pair of common adaptamer sequences connected to the gene-specific sequences. The ordered library of PCR-generated gene fragments will thus be flanked by adaptamer sequences. The presence of these adaptamers will have two important functions. First, it will allow re-amplification of 'master-sets' of the primary gene fragment sets from common PCR primers, thereby maximizing yields of printable product and minimizing the depletion of the original stock of gene-specific PCR primers. This will provide ample DNA for these arrays and allow experimentation, for example, with different coupling chemistries for the DNA hybridization microarrays. Second, this approach allows in-frame directional cloning of the amplified genes, thus permitting the future connection of these nucleic acid-based procedures with high-throughput protein analysis. The resulting availability of DNA microarrays for global transcriptional profiling will provide researchers with a powerful new tool to address fundamental problems in many different areas of biological research.
Synechocystis sp. PCC6803基因组序列将用于开发DNA微阵列,从而使有效的技术监测这一重要模型系统的全球差异转录模式。该项目将生产和利用pcr生成的基因集,该基因集代表了Synechocystis sp. PCC6803基因组的全部3168个基因,Synechocystis sp. PCC6803是一种单细胞可转化蓝藻,是研究光合作用和环境基因调控的重要模式生物。扩增的基因集将被排列在显微镜载玻片上,用荧光标记的mRNA产生的cDNA进行探针检测,目的是分析差异转录活性的全局模式。PCR生成的基因集将具有超越差异转录谱的主要应用的效用,因为PCR扩增的寡核苷酸包含一对连接到基因特异性序列的共同适配体序列。因此,聚合酶链反应生成的基因片段的有序文库将被适配体序列所包围。这些适配器的存在将具有两个重要功能。首先,它将允许从普通PCR引物中重新扩增初级基因片段集的“主集”,从而最大限度地提高可打印产品的产量,并最大限度地减少基因特异性PCR引物原始库存的消耗。这将为这些阵列提供充足的DNA,并允许实验,例如,为DNA杂交微阵列提供不同的耦合化学。其次,这种方法允许对扩增基因进行帧内定向克隆,从而允许将来将这些基于核酸的程序与高通量蛋白质分析联系起来。由此产生的用于全球转录谱分析的DNA微阵列将为研究人员提供一个强大的新工具,以解决许多不同生物学研究领域的基本问题。

项目成果

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