YIA-PGR: Tools for Plant Comparative Genomics
YIA-PGR:植物比较基因组学工具
基本信息
- 批准号:0227314
- 负责人:
- 金额:$ 101.08万
- 依托单位:
- 依托单位国家:美国
- 项目类别:Continuing Grant
- 财政年份:2002
- 资助国家:美国
- 起止时间:2002-09-01 至 2008-08-31
- 项目状态:已结题
- 来源:
- 关键词:
项目摘要
The diversity of model systems presents both challenges and opportunities for applying comparative and phylogenetic approaches to questions in plant functional genomics. New methodologies are needed in order to describe features of biological sequences and maps across multiple organisms that are related by a known phylogeny, as opposed to making either simple pair-wise comparisons or 'flat' comparisons among multiple organisms that ignore the presence of phylogenetic structure. This research focuses on two test applications of phylogenomics: (1) identifying conserved motifs and residues that define particular lineages within a gene family and (2) reconstructing genome rearrangement events along a phylogeny in such a way as to be able to predict gene content and order in sparsely sampled genomes. Because some of the methodology proposed is computationally intensive and requires the integration of data from a variety of public sources, this work is complemented by the development of an online plant phylogenomics database called Phytome. In collaboration with the Partnership for Minority Advancement in the Biosciences, an inquiry-based K-12 educational module is developed and delivered to targeted public schools in North Carolina through a mobile science teaching laboratory. Information regarding all the deliverables for our Plant Genome Project willbe posted at the following URL:http://www.phytome.org
模式系统的多样性提出了挑战和机遇,应用比较和系统发育的方法在植物功能基因组学的问题。需要新的方法来描述生物序列的特征,并通过已知的系统发育相关的多个生物体之间的地图,而不是简单的成对比较或忽略系统发育结构的存在的多个生物体之间的“平面”比较。本研究的重点是两个测试应用的基因组学:(1)确定保守的基序和残基,定义特定的谱系内的基因家族和(2)重建基因组重排事件沿着这样一种方式,以便能够预测基因的内容和顺序在稀疏采样的基因组。由于提出的一些方法是计算密集型的,需要整合来自各种公共来源的数据,这项工作是由一个名为Phytome的在线植物基因组学数据库的开发补充。与促进少数群体生物科学进步伙伴关系合作,开发了一个基于调查的K-12教育模块,并通过一个移动的科学教学实验室向北卡罗来纳州的目标公立学校提供。有关我们的植物基因组计划的所有可交付成果的信息将在以下网址发布:www.example.com
项目成果
期刊论文数量(0)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
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Todd Vision其他文献
An international showcase of bioinformatics research
- DOI:
10.1186/gb-2003-4-9-337 - 发表时间:
2003-01-01 - 期刊:
- 影响因子:9.400
- 作者:
Todd Vision - 通讯作者:
Todd Vision
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Collaborative Research: ABI Innovation: Enabling machine-actionable semantics for comparative analyses of trait evolution
合作研究:ABI 创新:启用机器可操作的语义以进行特征进化的比较分析
- 批准号:
1661356 - 财政年份:2017
- 资助金额:
$ 101.08万 - 项目类别:
Standard Grant
ABI Sustaining: Enabling the preservation of research data underlying scientific findings through the Dryad Digital Repository
ABI Sustaining:通过 Dryad 数字存储库保存科学发现背后的研究数据
- 批准号:
1564925 - 财政年份:2016
- 资助金额:
$ 101.08万 - 项目类别:
Standard Grant
ABI Development: Dryad: scalable and sustainable infrastructure for the publication of data
ABI 开发:Dryad:用于发布数据的可扩展且可持续的基础设施
- 批准号:
1612608 - 财政年份:2015
- 资助金额:
$ 101.08万 - 项目类别:
Continuing Grant
ABI Development: Dryad: scalable and sustainable infrastructure for the publication of data
ABI 开发:Dryad:用于发布数据的可扩展且可持续的基础设施
- 批准号:
1147166 - 财政年份:2012
- 资助金额:
$ 101.08万 - 项目类别:
Continuing Grant
COLLABORATIVE RESEARCH: ABI Development: Ontology-enabled reasoning across phenotypes from evolution and model organisms
合作研究:ABI 开发:跨进化和模式生物表型的本体推理
- 批准号:
1062404 - 财政年份:2011
- 资助金额:
$ 101.08万 - 项目类别:
Continuing Grant
A Digital Repository for Preservation and Sharing of Data Underlying Published Works in Evolutionary Biology
用于保存和共享进化生物学已发表作品的数据的数字存储库
- 批准号:
0743720 - 财政年份:2008
- 资助金额:
$ 101.08万 - 项目类别:
Continuing Grant
Systematic Identification of Genome Structural Variation in Mimulus
酸浆菌基因组结构变异的系统鉴定
- 批准号:
0743939 - 财政年份:2007
- 资助金额:
$ 101.08万 - 项目类别:
Standard Grant
相似国自然基金
E3连接酶RNF213导致PGR缺陷在子宫内膜蜕膜化中的作用机制研究
- 批准号:
- 批准年份:2024
- 资助金额:0 万元
- 项目类别:地区科学基金项目
孕激素通过 PGR/RUNX 调控胎盘 ASPROSIN 转录介
导妊娠期糖尿病
- 批准号:2024JJ5350
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- 项目类别:省市级项目
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- 批准号:32370913
- 批准年份:2023
- 资助金额:50 万元
- 项目类别:面上项目
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- 批准号:42276146
- 批准年份:2022
- 资助金额:56 万元
- 项目类别:面上项目
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- 批准号:
- 批准年份:2021
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- 项目类别:面上项目
HBP1调节PGR转录活性在胚胎植入及妊娠维持中的作用机制
- 批准号:82160296
- 批准年份:2021
- 资助金额:34.00 万元
- 项目类别:地区科学基金项目
靶向PGR阳性乳腺癌的多功能钌配合物合成及其抗肿瘤机制研究
- 批准号:21501074
- 批准年份:2015
- 资助金额:20.0 万元
- 项目类别:青年科学基金项目
相似海外基金
Collaborative Research: RESEARCH-PGR: Development of epigenetic editing for crop improvement
合作研究:RESEARCH-PGR:用于作物改良的表观遗传编辑的开发
- 批准号:
2331437 - 财政年份:2024
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$ 101.08万 - 项目类别:
Standard Grant
Collaborative Research: TRTech-PGR TRACK: Discovery and characterization of small CRISPR systems for virus-based delivery of heritable editing in plants.
合作研究:TRTech-PGR TRACK:小型 CRISPR 系统的发现和表征,用于基于病毒的植物遗传编辑传递。
- 批准号:
2334028 - 财政年份:2024
- 资助金额:
$ 101.08万 - 项目类别:
Standard Grant
TRTech-PGR: PlantTransform: Boosting Agrobacterium-mediated transformation efficiency in the orphan crop tef (Eragrostis tef) for trait improvement
TRTech-PGR:PlantTransform:提高孤儿作物 tef(画眉草 tef)中农杆菌介导的转化效率,以改善性状
- 批准号:
2327906 - 财政年份:2024
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Standard Grant
RESEARCH-PGR: Cycling to low-temperature tolerance
研究-PGR:循环到耐低温
- 批准号:
2332611 - 财政年份:2024
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Collaborative Research: RESEARCH-PGR: Development of epigenetic editing for crop improvement
合作研究:RESEARCH-PGR:用于作物改良的表观遗传编辑的开发
- 批准号:
2331438 - 财政年份:2024
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$ 101.08万 - 项目类别:
Standard Grant
Collaborative Research: TRTech-PGR TRACK: Discovery and characterization of small CRISPR systems for virus-based delivery of heritable editing in plants.
合作研究:TRTech-PGR TRACK:小型 CRISPR 系统的发现和表征,用于基于病毒的植物遗传编辑传递。
- 批准号:
2334027 - 财政年份:2024
- 资助金额:
$ 101.08万 - 项目类别:
Standard Grant
RESEARCH-PGR: Unlocking the Genetic and Epigenetic Basis of Cereal Crop Adaptation to Acidic Soil Regions
研究-PGR:揭示谷物作物适应酸性土壤地区的遗传和表观遗传基础
- 批准号:
2328611 - 财政年份:2024
- 资助金额:
$ 101.08万 - 项目类别:
Standard Grant
Collaborative Research: RUI: RESEARCH-PGR Meeting Future Food Demands: Phosphoproteomics to Unravel Signaling Pathways in Soybean's Response to Phosphate and Iron Deficiency
合作研究:RUI:RESEARCH-PGR 满足未来食品需求:磷酸蛋白质组学揭示大豆对磷酸盐和铁缺乏的反应的信号通路
- 批准号:
2329893 - 财政年份:2024
- 资助金额:
$ 101.08万 - 项目类别:
Standard Grant
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合作研究:RUI:RESEARCH-PGR 满足未来食品需求:磷酸蛋白质组学揭示大豆对磷酸盐和铁缺乏的反应的信号通路
- 批准号:
2329894 - 财政年份:2024
- 资助金额:
$ 101.08万 - 项目类别:
Standard Grant
TRTech-PGR: Unlocking Bread Wheat Genome Diversity: Foundational Genome Sequences and Resources to Advance Breeding and Biotechnological Improvement of a Global Food Security Crop
TRTech-PGR:解锁面包小麦基因组多样性:促进全球粮食安全作物育种和生物技术改进的基础基因组序列和资源
- 批准号:
2322957 - 财政年份:2024
- 资助金额:
$ 101.08万 - 项目类别:
Standard Grant