QSB: Multiscale Modeling of Gene Regulatory Modules
QSB:基因调控模块的多尺度建模
基本信息
- 批准号:0425882
- 负责人:
- 金额:--
- 依托单位:
- 依托单位国家:美国
- 项目类别:Continuing Grant
- 财政年份:2004
- 资助国家:美国
- 起止时间:2004-09-01 至 2008-08-31
- 项目状态:已结题
- 来源:
- 关键词:
项目摘要
Kaznessis0425882This research focuses on the integration of a number of simulation algorithms into a seamless multiscale algorithm for modeling biological regulatory processes, which extend from a stochastic low-copy number regime to a high-concentration 'continuous' regime. This work builds on important earlier work, particularly that of Gillespie. The simulation algorithms which will be integrated are: a stochastic simulation algorithm; a chemical Langevin algorithm, to deal with conditions resulting in Gaussian fluctuations about a mean; and a multiscale deterministic simulation algorithm, to manage the continuous 'high concentration' range. An important goal of these studies is the creation of a 'platform' from which to approach in silico design of biologically interesting gene expression systems. These systems are described in some detail in the proposal, and include: bistable switching; simulation of oscillatory and biochemical systems; and multiscale deterministic modeling of metabolism.
Kaznessis 0425882这项研究的重点是集成了一些模拟算法到一个无缝的多尺度算法建模生物调控过程,从随机低拷贝数制度的高浓度的“连续”制度。 这项工作建立在重要的早期工作,特别是吉莱斯皮。 将被集成的模拟算法是:随机模拟算法;化学Langevin算法,处理导致平均值高斯波动的条件;和多尺度确定性模拟算法,管理连续的“高浓度”范围。 这些研究的一个重要目标是创建一个“平台”,从这个平台上可以通过计算机模拟设计生物学上感兴趣的基因表达系统。 这些系统在提案中有一些详细的描述,包括:振荡开关;振荡和生化系统的模拟;以及新陈代谢的多尺度确定性建模。
项目成果
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专著数量(0)
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