ARB in the age of high throughput sequencing: adaptation to the requirements of large scale environmental and metagenomic studies and maintenance of the respective databases

高通量测序时代的ARB：适应大规模环境和宏基因组研究的要求以及各自数据库的维护

• 批准号: 196253499
• 负责人: Dr. Wolfgang Ludwig
• 金额: --
• 依托单位: Lehrstuhl für Mikrobiologie
• 依托单位国家: 德国
• 项目类别: Research data and software (Scientific Library Services and Information Systems)
• 财政年份: 2011
• 资助国家: 德国
• 起止时间: 2010-12-31 至 2013-12-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://gepris.dfg.de/gepris/projekt/196253499?language=en
• 关键词: ARB; age; throughput; sequencing; adaptation

Im Rahmen des von der DFG geförderten Projektes wurden Teile des ARBSoftwarepaketes hinsichtlich der automatisierten Pflege integrativer Datenbanken alignierterund analysierter Nukleinsäuresequenzen und jedweder Art diesen zugeordneterZusatzdaten erweitert und verbessert.Die umfangreichen Arbeiten im Zusammenhang mit der Erstellungund Pflege von qualitativ hochwertigen "Seed-" und "Core"-rRNA-Datenbanken sowieAnfragen und Anregungen aus dem Kreis der ARB- und SILVA-Nutzer haben deutlichgezeigt, dass substanzielle Erweiterungen und Verbesserungen des ARB-Paketeserforderlich sind, um den Anforderungen der Hochdurchsatzsequenzierungsära gerechtzu werden, insbesondere vor dem Hintergrund der Vielzahl an umfangreichen Umwelt- undMetagenomstudien. Neu- oder Redesign bzw. Verbesserung oder Anpassung sowieweitgehende Automatisierung von ARB-Komponenten für Datenbank-"merging",Stammbaumrekonstruktion, -optimierung und -vergleich, Alignment von (hochvariablen)Sequenzabschnitten, "Data-minining", sowie Pflege und Analyse von Proteinsequenzdatensind geplant. Ferner ist intensive Bereinigung des umfangreichen, in 18 Jahren unterMitwirkung einer Vielzahl von Autoren entstandenen komplexen Codes erforderlich.

在DFG项目中，ARBSoftwarePaketes的自动化集成数据库校准和分析程序Nukleinsäuresquenzen和jedweder Art是一种自动化的数据库校准和分析程序。在Zusammenhang中，使用“Seed-”和“Core”-rRNA-Datenbanken sowieAnfragen和Anregungen aus dem Kreis der ARB- und SILVA-Nutzer已经在德国进行了大量的研究，认为ARB-Paketeserforderlich的实质性的Erweiterungen和Verbesserungen是Hochdurchsatzsequenzierungsära gerechelden韦尔登的Anforderungen，它被认为是Vielzahl的Hintergrund和umfangreichen Umwelt- undMetagenomstudien。Neu- oder Redesign bzw. Verbesserung oder Anpassung sowieweitgehende Automatisierung von ARB-Komponenten für Datenbank-“merging”，Stammbaumreconstruktion，-optimierung und -vergleich，Alignment von（hochvariablen）Sequenzabschnitten，“Data-minining”，sowie Pflege und Analyse von Proteinsequenzdatensind geplant.在18年的时间里，人们对汽车复杂的代码进行了密集的研究。