Aufbau von Softwaresystemen und Weiterentwicklung von ARB zur Erstellung und Pflege vollständiger Datensätze der ribosomalen RNA Gene

构建软件系统并进一步开发ARB，以创建和维护核糖体RNA基因的完整数据集

• 批准号: 31005292
• 负责人: Dr. Wolfgang Ludwig
• 金额: --
• 依托单位: Lehrstuhl für Mikrobiologie
• 依托单位国家: 德国
• 项目类别: Research Grants
• 财政年份: 2006
• 资助国家: 德国
• 起止时间: 2005-12-31 至 2010-12-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://gepris.dfg.de/gepris/projekt/31005292?language=en
• 关键词: Aufbau; von; Softwaresystemen; und; Weiterentwicklung

Die Sequenzierung von phylogenetischen Markern und speziell der ribosomalen RNA (rRNA) Gene hat sich in den letzten Jahren zur Schlüsseltechnologie für die Erfassung der mikrobiellen Diversität entwickelt. Um diese Datenflut verarbeiten und für die Forschung verfügbar zu machen, wurde an der TU München vor 12 Jahren mit der Entwicklung des Softwaresystems ARB begonnen. ARB hat sich inzwischen zu einem weltweit anerkannten Standardwerkzeug entwickelt. Eine besondere Bedeutung kommt dabei den manuell gepflegten ¿Gesamtalignments¿ pro- und eukaryontischer rRNA Gene zu. Die rasche Verbreitung molekularer Techniken und die dramatisch gestiegenen Sequenzierkapazitäten haben jedoch ein unerwartet schnelles Wachstum der Sequenzdatenbanken ausgelöst. Die Folge ist, dass derzeit weltweit keine vollständigen, alignierten und gepflegten rRNA Datenbanken mehr existieren. Um diesem Problem zu begegnen sollen Softwaresysteme zur Erstellung und Pflege von Referenzdatensätzen entwickelt und eingesetzt werden. Die hier beantragte Weiterentwicklung von ARB soll primär die Diversitätsforschung in Deutschland und darüber hinaus stärken. Zudem basieren viele der etablierten molekularen, diagnostischen Nachweisverfahren in den Bereichen Umwelt, Biotechnologie und Medizin (z.B. Gensondentechniken) auf der Verfügbarkeit von rRNA Referenzdatensätzen. Auch für die Klassifizierung von höheren Organismen, wie sie z.B. derzeit im Rahmen der ¿DNA Barcoding¿ Initiative angestrebt wird, stellen die zu ent-wickelnden bioinformatischen Techniken und 18S rRNA Datenbanken die Grundlage dar.

核糖体RNA（rRNA）基因的遗传标记和特异性测序在近几年来一直是微生物多样性研究的热点。慕尼黑工业大学12年前开始了ARB软件系统开发，这是一个不断发展的数据库，也是一个不断完善的研究领域。ARB是一个世界性的标准化工作者。一个需要被人操纵的基因组可以支持真核生物的rRNA基因.分子技术和戏剧性的序列管理方法已经在序列数据库中找到了一个不寻常的方法。在这个世界上，没有任何一个国家的银行能够提供梅尔更大的资金。Um diesem Problem zu begegnen sollen Softwaresysteme zur Erstellung und Pflege von Referenzdatensätzen entwickelt und eingesetzt韦尔登. ARB的多元化研究主要是在德国进行的，并在德国取得了成功。本文主要介绍了分子生物学的基本原理、环境中的微生物诊断、生物技术和医学（z.B. Gensondentechniken）auf der Verfügbarkeit von rRNA Referenzdatensätzen.也是为了给他们的组织分类，就像他们的Z. B。在拉门的时候，DNA条形码？我们将采取主动行动，建立生物信息学技术和18S rRNA数据库。