Storage-System für Daten aus Hochdurchsatzexperimenten

高通量实验数据存储系统

• 批准号: 212933541
• 金额: --
• 依托单位: Hochschule Stralsund
• 依托单位国家: 德国
• 项目类别: Major Research Instrumentation
• 财政年份: 2011
• 资助国家: 德国
• 起止时间: 2010-12-31 至 无数据
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://gepris.dfg.de/gepris/projekt/212933541?language=en
• 关键词: Storage; System; Daten; aus; Hochdurchsatzexperimenten

Das Genom ist die Gesamtheit der Erbinformation eines Lebewesens, die in der DNA codiert ist. Steuerinformationen, sogenannte epigenetische Modifikationen, bestimmen, wie die Information des Genoms verarbeitet wird. Die epigenetische Landschaft ist durch das Zusammenspiel verschiedener Einflüsse wie DNA Methylierung, Histon Modifikation und nucleosomale Position charakterisiert. Mit dem hier beantragten Gerät wird die Grundlage zur zentralen Archivierung der biologischen Datensätze und aller Analyse geschaffen. Weiterhin soll den Kooperationspartnern ein Zugriff auf die Daten ermöglicht werden. Die direkte Anbindung der großen Datenmenge zu den Computern, die die Analy-setools ausführen, ist von großer Bedeutung. Ziel ist es, genomweite nucleosomale Positionenkarten mit den zugehörigen Korrelationen zu DNA Methylierung und Histon-Modifikationen zu erstellen. Diese Positionen sollen zusätzlich der Simulation von Nucleosomenketten dienen, wobei die Modellierung der räumlichen Struktur im Hinblick auf die Diagnose von Krankheiten und der Entwicklung neuer Me-dikamente zukunftsweisend ist.

基因组是一个生命的遗传信息，在DNA编码器中死亡。掌握信息，即表观遗传修饰，就像基因组信息一样。表观遗传学的研究是通过DNA甲基化、希斯顿修饰和核小体位置特征等方面的共同作用来进行的。生物学数据和分析数据的中央档案馆的基础设施将由这些数据组成。我们的合作伙伴应该是一个Zugriff，它应该是一个韦尔登。计算机大数据的直接绑定，以及分析工具的使用，都是非常重要的。因此，基因组的核小体定位与DNA甲基化和组蛋白修饰的关系密切。这一定位解决了核动力学模拟的问题，也为核动力学诊断和发展提供了新的方法。

项目成果

Affinity, stoichiometry and cooperativity of heterochromatin protein 1 (HP1) binding to nucleosomal arrays

异染色质蛋白 1â(HP1) 与核小体阵列结合的亲和力、化学计量和协同性

• DOI: 10.1088/0953-8984/27/6/064110
• 发表时间: 2015
• 期刊: Journal of Physics: Condensed Matter
• 作者: Vladimir B Teif;Nick Kepper;Klaus Yserentant;Gero Wedemann;Karsten Rippe
• 通讯作者: Karsten Rippe

Genome-wide nucleosome positioning during embryonic stem cell development

• DOI: 10.1038/nsmb.2419
• 发表时间: 2012-11-01
• 期刊: NATURE STRUCTURAL & MOLECULAR BIOLOGY
• 影响因子: 16.8
• 作者: Teif, Vladimir B.;Vainshtein, Yevhen;Rippe, Karsten
• 通讯作者: Rippe, Karsten

Modeling nucleosome position distributions from experimental nucleosome positioning maps

• DOI: 10.1093/bioinformatics/btt404
• 发表时间: 2013-10
• 期刊: Bioinformatics
• 影响因子: 5.8
• 作者: R. Schöpflin;V. B. Teif;Oliver Müller;Christin Weinberg;K. Rippe;Gero Wedemann

Changing chromatin fiber conformation by nucleosome repositioning.

• DOI: 10.1016/j.bpj.2014.09.026
• 发表时间: 2014-11
• 期刊: Biophysical journal
• 影响因子: 3.4
• 作者: Oliver Müller;Nick Kepper;R. Schöpflin;Ramona Ettig;K. Rippe;Gero Wedemann