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Beowulf-Computer-Cluster

贝奥武夫计算机集群

基本信息

批准号：
243810717
负责人：
金额：
--
依托单位：
Universität des Saarlandes
依托单位国家：
德国
项目类别：
Major Research Instrumentation
财政年份：
2013
资助国家：
德国
起止时间：
2012-12-31 至无数据
项目状态：
未结题

来源：
https://gepris.dfg.de/gepris/projekt/243810717?language=en
关键词：
Beowulf Computer Cluster

项目摘要

Der neu eingerichtet Sonderforschungsbereich (SFB) befasst sich mit der physikalischen Modellierung von Nicht-Gleichgewichtsprozessen in biologischen Systemen. Die meisten Teilprojekte des SFBs kombinieren theoretische Modellierung mit experimentellen Methoden. Die Komplexität der betrachteten zell-biologischen Systeme erfordern theoretische Analysen, die auf sehr rechenzeitintensiven numerischen Simulationen beruht, vor allem auf Monte-Carlo- und Molekulardynamik-Simulationen. Hieraus ergibt sich für die geplanten theoretischen Arbeiten in den Teilprojekte A1, A3, A7, B1, C2, und C3 des SFBs ein Bedarf an Rechenleistung von ca. 650 Prozessor-Kernen rund um die Uhr für die gesamte Antragsperiode – der nicht von den vollständig ausgelasteten Computer-Ressourcen der Arbeitsgruppen abgedeckt werden kann. In der Begutachtung des SFBs wurde dieser Bedarf von der DFG anerkannt. Ein Teil der vorgesehenen Anwendungen erfordern aufgrund einer massiven Parallelisierung eine schnelle Kommunikation, weshalb 256 Kerne mit einem 40 GB Infiniband Netzwerk verknüpft werden müssen, der Rest mit einem 10 GB Netzwerk. Es ist geplant 640 Kerne in einem Rack mit 10 4-in-1-Gehäusen unterzubringen, wobei jedes der 40 Mainboards 2 Prozessoren mit jeweils 8 Kernen enthält. Das Rack wird dann im vorhandenen klimatisierten Rechnerraum der FR 7.1 untergebracht und administriert und wird von außen allen Arbeitsgruppen des SFB zugänglich sein.

在生物系统中，新的特殊研究方法（SFB）首先是采用非线性物理模型。用实验方法建立了SFB的理论模型。生物系统的复杂性是理论分析的基础，也是数值模拟的重点，主要是蒙特-卡罗和分子动力学模拟。因此，我们可以在A1、A3、A7、B1、C2和C3等SFB的Teilprojekte中进行理论研究。650 Prozessor-Kernen rund um die Uhr für die gesamte Antragsperiode - der nicht von den vollständig ausgelasteten Computer-Ressourcen der Arbeitsgruppen abgedeckt韦尔登kann.在SFB的开始阶段，DFG的支持者被排除在外。Ein Teil der vorgesehenen Anwendungen erfordern aufgrund einer puvenile elisierung eine schnelle Kompletation，weshalb 256 Kerne mit einem 40 GB Infiniband Netzwerk verknüpft韦尔登müssen，der Rest mit einem 10 GB Netzwerk.它在一个机架上安装了640个内核，其中有10个4合1接口，另外还安装了40个主板，2个处理器，其中有8个内核。该机架将用于FR 7.1的内部管理和管理，并将由SFB的所有员工组成。