A move for sea subtropicalization: development of a marine organism map by environmental DNA analyses

海洋亚热带化的举措：通过环境 DNA 分析绘制海洋生物图谱

• 批准号: 21H04922
• 负责人: 井上 潤
• 金额: $ 26.62万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (A)
• 财政年份: 2021
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2021-04-05 至 2026-03-31
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21H04922/
• 关键词: 環境 DNA; トカラ海峡; 海洋生物分布マップ; 生物分布マップ

目的：研究船で収集した外洋の水に環境 DNA 解析を適用し、トカラ海峡周辺域に生息する生物の正確かつ網羅的な分布マップを作成する。実施計画：(A) 外洋での環境 DNA 採集。(B) 高精度な種判別ツールの開発。(C) 生物分布マップの作成。(D) 環境 RNA による産卵場の特定。実績：2021 年度から 2022 年度にかけて、トカラ海峡周辺域で研究船を利用して海水をサンプリングすることで、環境 DNA を採集した (A)。申請者は、高精度な種判別ツールを作成した。この結果を利用した生物分布マップの作成にも着手した (B, C)。さらに、サンゴを検出する環境 DNA プライマーを作成した (B)。環境 RNA による産卵場の特定に利用する核ゲノムからマーカーを選定するスクリプト ORTHOSCOPE* (https://github.com/jun-inoue/ORTHOSCOPE_STAR) を作成し論文として公開した (D)。

Objective: to study the DNA analysis of the ocean water environment in the ocean. The distribution of biology in the area around the straits is correct. Design: (a) the collection of overseas environmental DNA. (B) High-precision testing is used to determine whether the system is in operation or not. (C) the distribution of organisms is formed. (d) the RNA environment is very specific. In 2021, in the year 2022, research vessels in the area around the Straits make use of the sea water supply, the environmental DNA collection (A). Applicants and high-precision equipment can be used to determine the accuracy of the system. The results showed that the biological distribution was used to make the first step (B, C). The environmental DNA in the environment is affected by the environmental pollution (B). In the environment, RNA environmental protection sites are specifically designed to make use of the nuclear power supply system to select the appropriate ORTHOSCOPE*. (d).

项目成果

Development of species‐specific multiplex real‐time PCR assays for tracing the small pelagic fishes of North Pacific with environmental DNA

开发物种特异性多重实时 PCR 检测方法，利用环境 DNA 追踪北太平洋小型中上层鱼类

• DOI: 10.1002/edn3.275
• 发表时间: 2022
• 期刊: Environmental DNA
• 作者: Wong Marty Kwok‐Shing;Nobata Shigenori;Ito Shin‐ichi;Hyodo Susumu
• 通讯作者: Hyodo Susumu

Temperature modulation alters the gut and skin microbial profiles of chum salmon (Oncorhynchus keta)

• DOI: 10.3389/fmars.2022.1027621
• 发表时间: 2022-09
• 作者: S. Ghosh;M. Wong;S. Hyodo;Shuji Goto;K. Hamasaki

Genomic analysis of a reef‐building coral, <i>Acropora digitifera</i> , reveals complex population structure and a migration network in the Nansei Islands, Japan

对造礁珊瑚<i>Acropora digitalifera</i>的基因组分析揭示了日本南西群岛复杂的种群结构和迁徙网络

• DOI: 10.1111/mec.16665
• 发表时间: 2022
• 期刊: Molecular Ecology
• 影响因子: 4.9
• 作者: Tsuchiya Kojin;Zayasu Yuna;Nakajima Yuichi;Arakaki Nana;Suzuki Go;Satoh Noriyuki;Shinzato Chuya
• 通讯作者: Shinzato Chuya

Species-specific patterns in spatio-temporal dynamics of juvenile chum salmon and their zooplankton prey in Otsuchi Bay, Japan, revealed by simultaneous eDNA quantification of diverse taxa from the same water samples.

通过对同一水样中不同类群的同时 eDNA 定量，揭示了日本大槌湾幼年鲑鱼及其浮游动物猎物的物种特异性时空动态模式。

• DOI: 10.1111/fog.12631
• 发表时间: 2023
• 期刊: Fisheries Oceanography
• 影响因子: 2.6
• 作者: Yuki Minegishi;Marty Kwok-Shing Wong;Mako Nakao;Yuichiro Nishibe;Aiko Tachibana;Yoo-Jun Kim;Susumu Hyodo
• 通讯作者: Susumu Hyodo

Commentary on ORTHOSCOPE: A Web Tool for Genome Comparisons

ORTHOSCOPE 评论：用于基因组比较的网络工具

• 发表时间: 2021
• 期刊: Journal of Genetics and Genomes
• 作者: 中山 雅紀，野村 芽久美;藤代 一成;Inoue Jun
• 通讯作者: Inoue Jun