ロングリードによる肺がんゲノム構造変異とDNAメチル化状態の統合解明

使用长读长综合阐明肺癌基因组结构变异和 DNA 甲基化状态

• 批准号: 21J13203
• 负责人: 坂本 祥駿
• 金额: $ 1.09万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2021
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2021-04-28 至 2023-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21J13203/
• 关键词: マルチオミクス; ロングリード; 肺がん; がんゲノム; DNAメチル化

肺がん臨床検体のロングリード全ゲノムシークエンスデータを用いて，DNAメチル化状態と構造変異について，その関連性を一分子レベルで解析するパイプラインの開発を行った。その過程で，フェージング解析を利用した腫瘍特異的な変異のアリルレベルで解析する実用的なパイプラインが存在しなかったため，解析パイプラインの開発を行った。また，DNAメチル化状態の変化を伴う構造変異に対して，DNAメチル化状態と構造変異の状態から生起の順序を推定するようなパイプラインの開発も行った。開発したパイプラインを肺がん臨床検体20例に対して適用し，転写制御への影響や生起メカニズムの解明を試みた。DNAメチル化の変化を伴うような構造変異の特徴としては，DNAメチル化状態が低く，かつ，DNAメチル化の状態が変わったのちに，構造変異が生じる傾向にあることを同定することができた。また，DNAメチル化の変化を伴う構造変異と有名ながん遺伝子変異との関係性や，肺がんの種類との関係性，またレトロトランスポゾンと呼ばれるリピート領域との関係性について調べた。構造変異を示すリードでDNAメチル化が変化している領域の多くは，レロトランスポゾンの領域であることが判明し，RNA-seqのリードタグも存在していたことから，レトロトランスポゾン領域のDNAメチル化の低下と構造変異が関係している可能性が示唆された。これらの成果については，2022年度中に，国外の学術雑誌への論文発表（Sakamoto et al. Nature Communications 2022）を行い，また，博士論文の執筆及び学位の取得を行った。

The development of a wide range of lung diseases, such as lung cancer, lung cancer. In the process of analysis, the author uses the unique characteristics of the analysis to analyze the existence of the analysis and development of the analysis. The sequence of DNA transformation and structural variation is estimated. 20 cases of clinical symptoms were found to be applicable to the development of the disease, and the effects of the disease on the development of the disease were studied. The characteristics of structural variation in DNA transformation are low, and the structural variation tends to occur. The structure of DNA transformation is different from that of the name, the type and the relationship of the lung, and the relationship between the two domains is different from that of the name. The structure of DNA is different from the structure of DNA. The structure of DNA is different from the structure of DNA. The structure of DNA is different from the structure of DNA. Sakamoto et al. Nature Communications 2022, a paper published in the mid-2022 academic journal, was published in 2022.

项目成果

ナノポアシークエンサーを用いたがんゲノム中の複雑な構造変異とDNAメチル化状態の統合解明

使用纳米孔测序仪综合阐明癌症基因组中的复杂结构突变和 DNA 甲基化状态

• 发表时间: 2021
• 作者: Sakamoto Yoshitaka;Zaha Suzuko;Nagasawa Satoi;Miyake Shuhei;Kojima Yasuyuki;Suzuki Ayako;Suzuki Yutaka;Seki Masahide;坂本祥駿，鈴木穣，鈴木絢子
• 通讯作者: 坂本祥駿，鈴木穣，鈴木絢子