mRNA自動設計技術を用いた細胞種特異的な翻訳制御技術の開発

利用自动mRNA设计技术开发细胞类型特异性翻译控制技术

• 批准号: 21J15897
• 负责人: 角 俊輔
• 金额: $ 0.96万
• 依托单位: Kyoto University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2021
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2021-04-28 至 2023-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21J15897/
• 关键词: RNA; バイオインフォマティクス; 深層学習; 大規模アッセイ; 合成生物学; リボザイム; 生成モデル

昨年度、機能性RNA設計手法の確立を目標とし、機械学習の新規手法の提案を行なった。本年度は、提案手法の計算機的・実験的な検証を包括的に行い。提案手法の有効性を大規模に検討した。具体的には、データベースに登録される天然の機能性RNAを多数学習させ、生成配列が計算機的に天然配列の特徴を捉えているかをまず検証したところ、提案手法はデータ数が少ないRNA種に対しても安定的に特徴を捉えた配列を生成することが明らかになった。次に、生成RNAのハイスループットアッセイを行った。提案手法を用いてランダムに生成したRNAをオリゴライブラリプールを用いて合成し、大規模並列シークエンサーを用いたプール型機能スクリーニングを行なった。また、研究過程において、既存手法を用いて活性パラメータの推定を行ったところ推定値が安定的に測定できなかった。そこで、ベイズ推定を用いた数理モデリングを行い、少ないリード数であっても安定的に活性推定が可能となった。そして、算出した活性パラメータを天然配列と比較したところ、天然配列の活性値と類似した活性値分布を示した。このことから、生成配列は天然配列の活性値も模倣しており、高い設計成功率を示すことが明らかになった。以上のことから、提案手法を用いた機能性RNA配列設計が可能となった。本手法は様々な機能性RNAに対して広く応用可能であり、RNA工学における設計プラットフォームと言える。今後は論文化を進めるとともに、提案手法のさらなるRNA工学への応用を広げる予定である。

Last year, the design approach for functional RNA established を goals と, and the new regulations and approach for machine learning were proposed in the を line なった. This year, the な検 certificate を for the application of な検 in the proposal of computer technology includes the に line な検. The proposal approach is effective を large-scale に検 discussion た. Specific に は, デ ー タ ベ ー ス に login さ れ る natural の functional RNA を most learning さ せ, generated column が computer of に natural match column の 徴 を catch え て い る か を ま ず 検 card し た と こ ろ, proposal は デ ー タ number less が な い RNA of に し seaborne て も stability of に 徴 を catch え た match column を generated す る こ と が Ming ら か に な っ た. Then に, RNA is generated in the following lines: った ハ ス ス ス プットアッセ プットアッセ を を った. Proposed technique を with い て ラ ン ダ ム に generated し た RNA を オ リ ゴ ラ イ ブ ラ リ プ ー ル を with い て synthetic し, large-scale parallel シ ー ク エ ン サ ー を with い た プ ー ル type function ス ク リ ー ニ ン グ を line な っ た. ま た, research process に お い て, existing methods を い て active パ ラ メ ー タ の presumed line を っ た と こ ろ presumption of numerical が stable に determination で き な か っ た. Presumption そ こ で, ベ イ ズ を with い た mathematical モ デ リ ン グ を い, less な い リ ー ド number で あ っ て も stable constructive が に activity may be と な っ た. そ し て, calculate し た active パ ラ メ ー タ を natural match column と compare し た と こ ろ, natural match column の active numerical と similar し た active numerical distribution を shown し た. <s:1> <s:1> <s:1> と ら ら, generated coordination <s:1> natural coordination <s:1> active value imitation <s:1> てお <e:1>, high <s:1> design success rate を indicates す とが とが とが になった になった になった. The above <s:1> と ら ら ら and the proposed approach を can be designed with が た functional RNA arrangement to が possibly となった. This technique は others 々 な functional RNA に し seaborne て hiroo く 応 may use で あ り, RNA technology に お け る design プ ラ ッ ト フ ォ ー ム と said え る. The future cultural を は theory into め る と と も に, proposal の さ ら な る RNA technology へ の 応 with を hiroo げ る designated で あ る.

项目成果

機能性RNA設計のための深層生成モデルの開発

开发功能性RNA设计的深度生成模型

• 发表时间: 2022
• 作者: Sumi;S.;Hamada;M.;Saito;H.
• 通讯作者: H.

A novel deep learning architecture enables efficient functional RNA design.

新颖的深度学习架构可实现高效的功能性 RNA 设计。

• 发表时间: 2022
• 作者: Sumi;S.;Hamada;M.;Saito;H.
• 通讯作者: H.