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Physics of transcription regulation by the assembly of transcriptional condensate and the transcription of enhancer sequence

Physics of transcription regulation by the assembly of transcriptional condensate and the transcription of enhancer sequence
通过转录凝聚物的组装和增强子序列的转录进行转录调控的物理学
批准号：
21K03479
负责人：
山本 哲也
金额：
$2.0万
依托单位：
Hokkaido University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2021
资助国家：
日本
项目状态：
已结题
起止时间：
2021-04-01 至 2024-03-31
来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21K03479/
关键词：
転写制御転写凝集体エンハンサリピート配列転写ダイナミクス新生RNA核小体eRNARNA合成酵素

项目摘要

项目成果

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スーパーエンハンサは、エンハンサが高密度に集積したゲノム領域である。スーパーエンハンサは、転写凝集体に局在化することが最近の実験によって示されている。一方、分裂酵母のゲノムにタンデムにリピート配列をknock inすると、その配列がRNAi経路によってヘテロクロマチン化されることが最近の実験によって示されている。RNAi経路に必要なdicerは核膜表面に局在化することが示されているため、スーパーエンハンサが転写凝主体表面に局在化するように、同様な性質を持ったゲノム配列が集積すると、凝集体や核膜などの構造体の表面に吸着しやすいという性質があるようである。この性質は、高分子の表面吸着の問題と類似している。高分子の吸着性は、連結性のために、あるモノマーが表面に吸着すると、他のモノマーも表面付近に閉じ込められることによる。そこで、RNAi経路の反応速度方程式に高分子の連結性を組み込むことによって、RNAi経路によるヘテロクロマチン形成のモデルを構築した。その結果、リピートされる遺伝子の数だけでなく、遺伝子の長さ（正確には転写伸長時間）もヘテロクロマチン形成の重要なパラメータであり、転写伸長時間を長くすると、ある閾値で非吸着状態から吸着状態にジャンプ（一次相転移）することが示された。この結果は、ゲノムの核内構造体への安定的な吸着のためには、吸着性を持った配列がリピートしている必要があることを示唆している。来年度には、この研究で得た知見を転写凝集体に拡張し、転写凝集体による転写制御機構を明らかにするための理論を構築する。
期刊论文(15)
专著(0)
科研奖励(0)
会议论文
転写凝集体に局在化しているスーパーエンハンサの転写制御機構
位于转录聚集体中的超级增强子的转录控制机制
DOI： --
发表时间： 2021
期刊：
影响因子： --
作者： [R. Oishi, K. Umeo, T. Onimaru, T. Takabatake, 山本哲也]
通讯作者： 山本哲也
Essence of assembly of constitutive heterochromain in fission yeast lies in surface adhesion of polymers?
裂殖酵母组成型异染色质组装的本质在于聚合物的表面粘附？
DOI： --
发表时间： 2022
期刊：
影响因子： --
作者： [Tetsuya Yamamoto, Takahiro Asanuma, and Yota Murakami]
通讯作者： and Yota Murakami
ヌクレオソームとコンデンシンのクロストークを介した絡み合った染色体の弾性制御
通过核小体-凝缩蛋白串扰对缠绕的染色体进行弹性控制
DOI： --
发表时间： 2022
期刊：
影响因子： --
作者： [Tetsuya Yamamoto, Kazuhisa Kinoshita, and Tatsuya Hirano]
通讯作者： and Tatsuya Hirano
TU Dresden(ドイツ)
德累斯顿工业大学（德国）
DOI： --
发表时间：
期刊：
影响因子： --
作者： []
通讯作者：
共 9 条
    DNAループと転写因子クラスターのダイナミクスによる転写制御の物理
    • 批准号：
      24K06969
    • 项目类别：
      Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
    • 资助金额：
      $2.41万
    • 财政年份：
      2024
    • 负责人：
      山本 哲也
    • 依托单位：
      Hokkaido University
    うつ病の再発予防に寄与するAIアルゴリズム技術の開発
    • 批准号：
      23K20771
    • 项目类别：
      Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
    • 资助金额：
      $4.74万
    • 财政年份：
      2024
    • 负责人：
      山本 哲也
    • 依托单位：
      The University of Tokushima
    ホルマリンによる有機ホウ素化合物のパラジウム触媒ヒドロキシメチル化反応の開発
    • 批准号：
      24K08436
    • 项目类别：
      Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
    • 资助金额：
      $2.91万
    • 财政年份：
      2024
    • 负责人：
      山本 哲也
    • 依托单位：
      Tokyo Denki University
    Developments of New Method for Artifact Removal and Image Super-Resolution Technique in Diffusion-Weighted Imaging at 7 Tesla