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Physics of transcription regulation by the assembly of transcriptional condensate and the transcription of enhancer sequence

通过转录凝聚物的组装和增强子序列的转录进行转录调控的物理学

基本信息

批准号：
21K03479
负责人：
山本哲也
金额：
$ 2万
依托单位：
Hokkaido University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2021
资助国家：
日本
起止时间：
2021-04-01 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

スーパーエンハンサは、エンハンサが高密度に集積したゲノム領域である。スーパーエンハンサは、転写凝集体に局在化することが最近の実験によって示されている。一方、分裂酵母のゲノムにタンデムにリピート配列をknock inすると、その配列がRNAi経路によってヘテロクロマチン化されることが最近の実験によって示されている。RNAi経路に必要なdicerは核膜表面に局在化することが示されているため、スーパーエンハンサが転写凝主体表面に局在化するように、同様な性質を持ったゲノム配列が集積すると、凝集体や核膜などの構造体の表面に吸着しやすいという性質があるようである。この性質は、高分子の表面吸着の問題と類似している。高分子の吸着性は、連結性のために、あるモノマーが表面に吸着すると、他のモノマーも表面付近に閉じ込められることによる。そこで、RNAi経路の反応速度方程式に高分子の連結性を組み込むことによって、RNAi経路によるヘテロクロマチン形成のモデルを構築した。その結果、リピートされる遺伝子の数だけでなく、遺伝子の長さ（正確には転写伸長時間）もヘテロクロマチン形成の重要なパラメータであり、転写伸長時間を長くすると、ある閾値で非吸着状態から吸着状態にジャンプ（一次相転移）することが示された。この結果は、ゲノムの核内構造体への安定的な吸着のためには、吸着性を持った配列がリピートしている必要があることを示唆している。来年度には、この研究で得た知見を転写凝集体に拡張し、転写凝集体による転写制御機構を明らかにするための理論を構築する。

We need to know that the density of the high density collection is very high, and the field is very important. Please tell me that the Bureau of the Coagulation Collective is in the process of changing the situation recently. On the one hand, the split yeast was equipped with knock in, RNAi, and RNAi, respectively. It is necessary for RNAi to use dicer on the surface of the nuclear membrane in order to show that the surface of the main body is chemically linked to the surface of the main body. The type of problem with the adsorption on the surface of the polymer is similar to that of the polymer. The polymer absorbency, the connection property, the absorption of the polymer, the absorption of the The speed equation was reversed by the RNAi circuit. The polymer connectivity was measured by the speed equation. The RNAi link was analyzed by the speed equation and the speed equation by the reverse speed equation. The result of the test, the number of children, the number of children, the length of time, the length of time (one phase shift). The results show that the structure of the nuclear system is stable, and that the absorption capacity of the system is very high. In the coming year, we have learned from the research institute that we have learned that we should write the collective system of coagulation and coagulation, and that the royal government should make clear that it is necessary to discuss the theory and theory of coagulation.