哺乳類のDNA複製タイミング制御におけるゲノムとエピゲノムの機能的リンク

基因组和表观基因组在控制哺乳动物 DNA 复制时间方面的功能联系

基本信息

  • 批准号:
    21K06129
  • 负责人:
  • 金额:
    $ 2.66万
  • 依托单位:
  • 依托单位国家:
    日本
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
  • 财政年份:
    2021
  • 资助国家:
    日本
  • 起止时间:
    2021-04-01 至 2024-03-31
  • 项目状态:
    已结题

项目摘要

The eukaryotic genome is organized into eu- or hetero-chromatin domains, the former is gene-rich and transcriptionally active, while the latter is gene-poor and transcriptionally inactive. Eu- or hetero-chromatin are also analogous to A or B compartments, calculated from the PC1 (primary component 1) value of the eigenvector of the Hi-C (a method for chromatin conformation capture) matrix. During S phase, A compartments replicate early while B compartments replicate late. It is, however, not understood if A/B compartmentalization and early/late replication timing is mechanistically linked.
真核生物的基因组被组织成真染色质或异染色质结构域,前者是基因丰富和转录活性,而后者是基因贫乏和转录失活。Eu-或异染色质也类似于A或B区室,根据Hi-C(染色质构象捕获方法)矩阵的特征向量的PC 1(主要成分1)值计算。在S期,A区室复制早,而B区室复制晚。然而,目前还不清楚A/B区室化和早期/晚期复制时间是否存在机械联系。

项目成果

期刊论文数量(3)
专著数量(0)
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专利数量(0)
Efficient de novo assembly and modification of large DNA fragments
大 DNA 片段的高效从头组装和修饰
  • DOI:
    10.1007/s11427-021-2029-0
  • 发表时间:
    2021-12-16
  • 期刊:
  • 影响因子:
    9.1
  • 作者:
    Jiang, Shuangying;Tang, Yuanwei;Dai, Junbiao
  • 通讯作者:
    Dai, Junbiao
Bridging multiple dimensions: roles of transposable elements in higher-order genome regulation
  • DOI:
    10.1016/j.gde.2023.102035
  • 发表时间:
    2023-04-05
  • 期刊:
  • 影响因子:
    4
  • 作者:
    Sharif,Jafar;Koseki,Haruhiko;Parrish,Nicholas F.
  • 通讯作者:
    Parrish,Nicholas F.
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