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細胞のリプログラミングによるDNAメチル化変化を利用した遺伝子発現制御の理解

利用细胞重编程导致的 DNA 甲基化变化了解基因表达调控

基本信息

批准号：
21K06143
负责人：
岡村浩司
金额：
$ 2.66万
依托单位：
National Center for Child Health and Development
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2021
资助国家：
日本
起止时间：
2021-04-01 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

脊椎動物の個体にはさまざまな器官や組織、細胞が存在し、それぞれにおいて異なる遺伝子の組み合わせの発現制御がなされている。本課題の目標は多くの遺伝子について、それぞれの発現に関わるDNAメチル化サイトを同定することで、まず、ヒト子宮内膜由来細胞およびそのiPS細胞株との比較解析から、マトリックスメタロプロテアーゼ(MMP)遺伝子群について結果が得られた。MMPはコラーゲンなど細胞外マトリックスを分解する酵素で、月経における剥離、脱落にも関与し、子宮内膜間質細胞においてはMMP1やMMP2の高発現が確認される。この細胞を親株としてリプログラミングによりiPS細胞株を樹立させると、幹細胞においては不要である上記2遺伝子のmRNA発現量は1/10以下に抑制される。メチル化アレイによるデータから、MMP1についてはプロモータ領域の1つのCpGサイトが重要であることを示すことができた。MMP2についてはgene bodyの離散的な数ヶ所の高メチル化が観察され、またCpGアイランドとなっているプロモータ領域ではH3K4me3修飾が細胞のリプログラミングにより消失することが確認された。また、MMP20については子宮における機能と関わりがないためか発現しておらず、iPS細胞でもオフのままであるが顕著な高メチル化を受けていることが分かった。MMP20に関する制御情報を得るためには、子宮内膜とは別のMMP20が発現している細胞をリプログラミングする必要がある。MMP1を含むMMPファミリー9遺伝子は11q22で同じ向きに遺伝子クラスタを形成しており、Hi-Cによるデータからその中にクロマチン境界を確認、メチル化が変化する遺伝子座とそうでない遺伝子座の区分けがなされ、遺伝子重複後のパラログの機能多様化をもたらす機構を追うことができた。

Vertebrate individuals have different organs, tissues, and cells, and they are different from each other. The purpose of this study is to identify and compare iPS cell lines derived from endometrial cells with iPS cell lines related to the development of multi-gene (MMP). High levels of MMP-1 and MMP-2 in endometrial stromal cells were confirmed. The expression of mRNA in the two genes was suppressed by less than 1/10 in the establishment of iPS cell lines and stem cells. MMP1 is the most important component of CpG in the domain. MMP2 gene body discrete number of high level of aggregation was observed, and CpG was detected in the field of H3K4Me3 modification of the cell discrete number of aggregation was confirmed. MMP20 is the only one that has the ability to function in the womb, and iPS cells are the only ones that have the ability to function in the womb. MMP-20-related regulatory information is available in the endometrium and in the cells that are necessary for development. MMP1 contains MMP 9, and the same direction of transmission is used to determine the transmission state of the transmission state.