レトロトランスポゾンに由来するウイルス様粒子の乳がん悪性化における役割

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我々は、ヒトゲノムにあるレトロトランスポゾン由来のGag遺伝子に着目している。Gagはレトロウイルスの構造タンパク質と相同で、RNAを運ぶ「ウイルス様粒子（VLP）」を形成して乳がんの転移に関わる可能性がある。そこで本研究では、乳がん臨床試料から、Gag由来遺伝子が形成するVLPおよび内包するRNAを網羅的に同定し、乳がんの悪性化におけるVLPの役割を明らかにする。このような新しいがん悪性化機構の解明は新しい治療法の開発にも繋がると考える。我々は、乳がん試料を用いた遺伝子発現解析で、レトロトランスポゾン由来のGag遺伝子である「ARC」ならびに「PEG10」が高発現することを見出した。特に、PEG10がVLPを形成することが他グループにが報告したため(Segal et al, Science, 2021)、PEG10を優先的に解析している。具体的には、悪性化した乳がんで高発現するPEG10のアイソフォームの同定と、PEG10の標的分子を網羅的に同定するeCLIP-seq解析を行った。eCLIP-seq解析では、解析にもちいる乳がん細胞の同定、抗体の選択、解析パイプラインの構築を行い、実際にテストランを実施した。一方、我々は、Gagタンパク質をコードするレトロトランスポゾンを、ヒトゲノムで多数同定しており、PEG10やARC以外にも、VLPを形成する遺伝子が存在すると考えている。そこで新規のGag由来遺伝子を同定し、その標的分子の決定することを目指し、TCGAの発現データを用いた、新規のGag遺伝子が発現の確認を行なった。TCGAデータをがんのステージにわけ、新規のGag由来遺伝の発現パターンを調べたところ、多数の候補配列の発現を確認した。