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Study for pathogenesis and high resolution diagnosis of Shiga toxin-producing Escherichia coli infection by metagenomic analyses

Study for pathogenesis and high resolution diagnosis of Shiga toxin-producing Escherichia coli infection by metagenomic analyses
通过宏基因组分析研究产志贺毒素大肠杆菌感染的发病机制和高分辨率诊断
批准号：
21K07017
负责人：
李 謙一
金额：
$2.75万
依托单位：
National Institute of Infectious Diseases
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2021
资助国家：
日本
项目状态：
未结题
起止时间：
2021-04-01 至 2025-03-31
来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21K07017/
关键词：
腸管出血性大腸菌メタゲノム溶血性尿毒症症候群メタゲノム解析

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よびメタゲノム解析を行った。重症例１事例および、集団感染3事例（24検体）の便サンプルを入手し解析を行った。すなわち、DNA抽出はQIAamp PowerFecal Pro DNA Kit（QIAGEN）を用いて行った。ショットガンメタゲノム解析には、QIAseq FX DNA Library Kit（QIAGEN）を用いてライブラリーを作製した。以上のライブラリーを、ショットガンメタゲノム解析ではHiSeqXを用いて塩基配列を解読した。得られたデータからkraken2などを用いて、属レベルで細菌の出現頻度を算出した。また、有症例起因株特異的なリードを検出するプログラムを構築した。同プログラムを一部の集団感染事例サンプルで用いたところ、サンプル中に存在する大腸菌の大部分が有症例起因株であることを示唆する結果を得た。
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会议论文
牛から分離される非Ｏ１５７志賀毒素産生性大腸菌の病原因子に関する分子遺伝学研究
食品中における食中毒菌―真菌間相互作用の解析
  • 批准号：
    10J01047
  • 项目类别：
    Grant-in-Aid for JSPS Fellows
  • 资助金额：
    $0.9万
  • 财政年份：
    2010
  • 负责人：
    李 謙一
  • 依托单位：
    The University of Tokyo
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