Study for pathogenesis and high resolution diagnosis of Shiga toxin-producing Escherichia coli infection by metagenomic analyses

通过宏基因组分析研究产志贺毒素大肠杆菌感染的发病机制和高分辨率诊断

• 批准号: 21K07017
• 负责人: 李 謙一
• 金额: $ 2.75万
• 依托单位: National Institute of Infectious Diseases
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2021
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2021-04-01 至 2025-03-31
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21K07017/
• 关键词: 腸管出血性大腸菌; メタゲノム; 溶血性尿毒症症候群; メタゲノム解析

よびメタゲノム解析を行った。重症例１事例および、集団感染3事例（24検体）の便サンプルを入手し解析を行った。すなわち、DNA抽出はQIAamp PowerFecal Pro DNA Kit（QIAGEN）を用いて行った。ショットガンメタゲノム解析には、QIAseq FX DNA Library Kit（QIAGEN）を用いてライブラリーを作製した。以上のライブラリーを、ショットガンメタゲノム解析ではHiSeqXを用いて塩基配列を解読した。得られたデータからkraken2などを用いて、属レベルで細菌の出現頻度を算出した。また、有症例起因株特異的なリードを検出するプログラムを構築した。同プログラムを一部の集団感染事例サンプルで用いたところ、サンプル中に存在する大腸菌の大部分が有症例起因株であることを示唆する結果を得た。

This is the first time I've seen it. Severe cases 1 case 2 cases, group infection 3 cases (24 cases), and then start to analyze. QIAamp PowerFecal Pro DNA Kit (QIAGEN) The QIAseq FX DNA Library Kit (QIAGEN) was developed using the QIAseq ® DNA Library Kit. The analysis of the above parameters shows that HiSeqX can be used to solve the problem of base alignment. To calculate the frequency of occurrence of bacteria, we need to find out how many bacteria we can use. There are cases where the cause of the disease is specific, and the construction of the disease is difficult. A number of cases of collective infection in the same group were reported. Most of the cases were caused by Escherichia coli.