腫瘍Microbiome-Viromeから探る難治性悪性リンパ腫バイオマーカー

本研究はリンパ腫の中で最も頻度の高い、びまん性大細胞型B細胞性リンパ腫（DLBCL）等を対象とする研究を計画している。DLBCLは遺伝子異常の面から異質性の高い（不均一な）疾患であり、“Cell-of-Origin”や“Double hit lymphoma”などの分類法はあるものの、これまでのところ、難治性のDLBCLを感度・特異度良く予測できるバイオマーカーや遺伝子プロファイルは明らかにされていない。本研究では、病院で収集保存された患者試料のDNAやRNAから微生物プロファイルを探索・同定し、体細胞変異（遺伝子異常）、内在性mRNA等の遺伝子発現情報との組み合わせによって、診断に有用な難治性DLBCLの予後予測法を開発することを目的とする。本年度は研究分担者の協力のもと、DLBCL患者リンパ節試料からDNAおよびRNAを抽出し、次世代シークエンス技術による遺伝子異常検出のためのターゲットシークエンスを実施した。採用したターゲットシークエンスはPCRアンプリコンを多数作成して行う方式であり、おおよそ自動化されたシステムによって一塩基変異や挿入・欠失変異を検出することができた。一方で、DLBCLの分類に重要な要素である体細胞性のコピー数変化の検出は、このターゲットシークエンス方式においてはコンセンサスのある基準が確立されていない。そのため、追加で対照（非腫瘍性）DNAのターゲットシークエンスデータの取得を行ったほか、解析ツールの選定、その解析環境構築とテスト、閾値の設定についての文献調査を実施し、検体組織の腫瘍含有率を考慮した合理性のある判定基準を作成した。

本研究はリンパ腫の中で最も頻度の高い、びまん性大細胞型B細胞性リンパ腫（DLBCL）等を対象とする研究を計画している。DLBCLは遺伝子異常の面から異質性の高い（不均一な）疾患であり、“Cell-of-Origin”や“Double hit lymphoma”などの分類法はあるものの、これまでのところ、難治性のDLBCLを感度・特異度良く予測できるバイオマーカーや遺伝子プロファイルは明らかにされていない。本研究では、病院で収集保存された患者試料のDNAやRNAから微生物プロファイルを探索・同定し、体細胞変異（遺伝子異常）、内在性mRNA等の遺伝子発現情報との組み合わせによって、診断に有用な難治性DLBCLの予後予測法を開発することを目的とする。本年度は研究分担者の協力のもと、DLBCL患者リンパ節試料からDNAおよびRNAを抽出し、次世代シークエンス技術による遺伝子異常検出のためのターゲットシークエンスを実施した。採用したターゲットシークエンスはPCRアンプリコンを多数作成して行う方式であり、おおよそ自動化されたシステムによって一塩基変異や挿入・欠失変異を検出することができた。一方で、DLBCLの分類に重要な要素である体細胞性のコピー数変化の検出は、このターゲットシークエンス方式においてはコンセンサスのある基準が確立されていない。そのため、追加で対照（非腫瘍性）DNAのターゲットシークエンスデータの取得を行ったほか、解析ツールの選定、その解析環境構築とテスト、閾値の設定についての文献調査を実施し、検体組織の腫瘍含有率を考慮した合理性のある判定基準を作成した。