新たなDNAメチル化解析技術の応用による高精度体液特異的ジェノタイピング法の確立

应用新型DNA甲基化分析技术建立高精度体液特异性基因分型方法

• 批准号: 21K10539
• 负责人: 渡邊 賢
• 金额: $ 2.66万
• 依托单位: National Research Institute of Police Science
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2021
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2021-04-01 至 2025-03-31
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21K10539/
• 关键词: 物体検査; 人体液斑の同定; DNAメチル化; DNA多型

唾液特異的（脱）メチル化CpG-SNP領域について、既報の3領域（Watanabe et al., Forensic Science International:Genetics, 2022)に加えて、新たに同定した19領域の候補領域を加えた、NGSを用いたバイサルファイトシークエンスによるマルチプレックス同時検出系の確立を試みた。まず、各領域における複数のCpGとその近傍に位置するSNPを増幅するように、バイサルファイトPCR用のプライマーを設計した。コントロールDNAを用いて、各領域についてシングルプレックスPCRをおこない、アガロースゲル電気泳動を行ったところ、15領域で増幅が確認された。この15領域について、コントロールDNAからマルチプレックスPCRを行い、NGSで解析を行ったところ、ほぼすべての領域において増幅が確認された。一方で、増幅バランスの偏りが著しく、リード数として領域間で最大1000倍程度の違いが見られた。各プライマー濃度を調整し、様々な条件検討を行ったものの、増幅バランスについて著しい改善は認められなかった。したがって、これらのマルチプレックス化により増幅が困難となった領域については、別の増幅系を構築する必要があるものと考えられた。また、膣液特異的（脱）メチル化CpG-SNP領域についても、高度マルチプレックス解析系を確立するため、これまでに実施した各体液試料の網羅的メチル化解析データ（Watanabe et al.,Forensic Science International:Genetics, 2022)をもとに、新たな候補領域の探索を行った。

Saliva-specific CpG-SNP field test, both field 3 (Watanabe et al., Forensic Science International:Genetics, 2022), new protocol 19 field test, and NGS test are registered at the same time. The number of copies in each field, the number of copies, the number of CpG, the location of the SNP, the frame of the SNP, the data of the PCR, the number of copies, the number of copies, the number of copies in each field, the location The application of DNA equipment, the application of PCR equipment in all fields, the monitoring of swimming activities in all fields, and the confirmation of applications in 15 fields. This is the first time that 15 fields have been detected, and that the DNA files have not been detected. The PCR lines have been parsed, the NGS lines have been parsed, and the fields have been verified. One side, one side In each case, the conditions should be adjusted, and the conditions should be adjusted to improve the situation. Please tell me that you need to know that you are not in the field, and that you need to know if it is necessary. In the field of CpG-SNP, the analysis of the system is related to the performance of the network (Watanabe et al.,Forensic Science International:Genetics, 2022), and the exploration of the new field.

项目成果

リアルタイムPCRによるDNAメチル化を指標とした 唾液検査法の開発

使用实时PCR开发以DNA甲基化为指标的唾液检测方法

• 发表时间: 2022
• 作者: 渡邊 賢;山岸 孝幸;豊間根 耕地;阿久津 智子
• 通讯作者: 阿久津 智子