Isolation of neighboring cell-interacting factors in plants

植物中邻近细胞相互作用因子的分离

• 批准号: 20K06669
• 负责人: 久保 稔
• 金额: $ 2.75万
• 依托单位: Nara Institute of Science and Technology (2021-2022)Kumamoto University (2020)
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2020
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2020-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-20K06669/
• 关键词: 細胞間相互作用; 次世代シーケンシング; 1細胞解析; 幹細胞; 頂端細胞; 仮根; 環境応答; 次世代シーケンシング; １細胞解析; リプログラミング; 透明細胞; 分化全能性; 植物細胞

本研究課題では、植物組織における隣接する個々の細胞において、それらの遺伝子発現量を調べることで、植物細胞間の相互作用に関連する遺伝子を探索し、それらの機能を明らかにすることを目的としている。R４年度は1cell-DGE法(Kubo et al., 2019)を用いてこれまでに行った3つのアプローチ（１）ヒメツリガネゴケの「孤立させた1葉細胞」の計時的な1細胞トランスクリプトーム解析、（２）オオミズゴケの葉分化過程における１細胞トランスクリプトーム解析、（３）ヒメツリガネゴケ仮根の頂端細胞におけるトランスクリプトーム解析 についてデータ解析を行った。(1)においては、「孤立させた1葉細胞」が全て原糸体頂端細胞へとリプログラミングすることからリプログラミング課程の時系列データとして解析を行い、リプログラミング課程の細分化が見出された。(2)においては、オオミズゴケ幼葉の葉綠細胞と透明細胞由来の各プロトプラストごとに取得したトランスクリプトームデータから、透明細胞で有意に高発現している遺伝子を見出した。(3)においては、異なる重力条件において育成させたヒメツリガネゴケ仮根先端細胞から得られたトランスクリプトームデータ解析を行ったが、有意な変動を示す遺伝子の同定には至らなかった。

The purpose of this study is to investigate the regulation of gene production in adjacent cells of plant tissues, to explore the relationship between gene production and interaction between plant cells, and to clarify their functions. R4 year 1 cell-DGE method (Kubo et al., 2019) The analysis of 1-cell transition from time to time of "isolated 1-leaf cells" in the middle of the process of leaf differentiation,(2) analysis of 1-cell transition from time to time of leaf differentiation,(3) analysis of apical cells in the middle of the process of "isolated 1-leaf cells". (1)In the middle of the whole body,"isolated cells" are the top cells of the whole body, and the time series of the curriculum is analyzed. (2)The green cells of young leaves and the transparent cells were obtained from various sources, and the transparent cells were intentionally highly developed. (3)In addition, under different gravity conditions, the root tip cell can be used to analyze the behavior and intentional behavior of the seed.

项目成果

細胞を集団として捉える:植物における 1 細胞トランスクリプトームとエピゲノム解析の展望

了解细胞作为一个群体：植物单细胞转录组和表观基因组分析的前景

• 发表时间: 2021
• 期刊: アグリバイオ
• 作者: 久保 稔;玉田 洋介
• 通讯作者: 玉田 洋介

細胞壁によって固定された植物細胞における単一細胞解析

由细胞壁锚定的植物细胞的单细胞分析

• 发表时间: 2020
• 期刊: 細胞
• 作者: 玉田 洋介;久保 稔
• 通讯作者: 久保 稔

Expression of peat moss VASCULAR RELATED NAC-DOMAIN homologs in Nicotiana benthamiana leaf cells induces ectopic secondary wall formation

泥炭藓血管相关 NAC 域同源物在本塞姆氏烟草叶细胞中的表达诱导异位次生壁形成

• DOI: 10.1007/s11103-021-01148-6
• 发表时间: 2021
• 期刊: Plant Molecular Biology
• 影响因子: 5.1
• 作者: Terada Shiori;Kubo Minoru;Akiyoshi Nobuhiro;Sano Ryosuke;Nomura Toshihisa;Sawa Shinichiro;Ohtani Misato;Demura Taku
• 通讯作者: Demura Taku

モデルツノゴケ Anthoceros agrestis の生殖メリステムにおけ るトランスクリプトーム解析

金鱼草模型 Anthoceros agrestis 生殖分生组织的转录组分析

• 发表时间: 2022
• 作者: Hokabe;N.;Koeda;K.;Fujiwara;Y.;Tsuchida;S. and Ueshima;R.;中村 亮，西山 智明，久保 稔，小藤 累美子
• 通讯作者: 中村 亮，西山 智明，久保 稔，小藤 累美子