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アシロ目・ガマアンコウ目魚類のミトゲノミクス：網羅的アプローチによる進化史の解明

Asilidae 和 Antarcidae 鱼类的有丝分裂基因组学：使用综合方法阐明进化历史

基本信息

批准号：
20K06785
负责人：
佐藤崇
金额：
$ 2.75万
依托单位：
Kyoto University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2020
资助国家：
日本
起止时间：
2020-04-01 至 2022-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

２０２１年度前半は，アシロ・ガマアンコウ目魚類のうち科内の多様度が非常に高いアシロ科とフサイタチウオ科を中心に，ミトコンドリア(mt)ゲノム全長塩基配列データの拡充を行なった。その結果，mtゲノムではこれまで1000bp 程度の分子データしか報告されていなかった深海性のソコオクメウオ科の２種やアシロ目の稀種を複数含む，２１種のデータを新規に決定することができた。核遺伝子に関しては解析の精度向上を期して，当初予定していた１０種類の遺伝子に加えて，進化速度の差が少ないと考えられ，配列長も長く魚類の高次解析への実績がある非連鎖核遺伝子４種類（RIPK4, FICD, KIAA1239, Rhod）の塩基配列データ収集を行なった。年度後半には，アシロ・ガマアンコウ目魚類の包括的系統解析のまとめとして，得られた全データセットをもちいた系統解析ならびに遺伝子配置の解析を行なった。最終的に，アシロ目では５科４０種，ガマアンコウ目では１科３種の新規 mtゲノム全長配列を決定した。これに外群やデータベース上の既登録データ（部分配列を含む）を加え，最終的に総計２０６種を網羅する系統樹を構築することができた。その結果，両目の単系統性は支持され，両者の系統位置はスズキ系魚類の最も基部にあたることも確認された。１４種類の核遺伝子配列から得られた系統樹は，mtゲノムの結果と大筋で一致した。さらに，mtゲノムでは解決しきれなかった科間の系統関係を補う結果が得られた。本研究で扱ったアシロ・ガマアンコウ目魚類の mtゲノムからは，目全体で共有されるものや，特定の科もしくは属内で共有されるものなど，７パターンの新規遺伝子配置変動が発見された。これらの配置変動は，それぞれのグループが分化する際に生じたと見られ，特異な変動パターンの共有が単系統性を支持するマーカーとなることが明らかとなった。

In the first half of 2021, アシロ・ガマアンコウ目鱼のうち科内の多様degreeがveryに高いアシロ科とフサイタタウオ科をcenterに, ミトコンドリア(mt)ゲノムfull length base arrangement データの拡chargeを行なった.そのRESULTS, mtゲノムではこれまで1000bp Degree of Molecule Report of the Deep Sea Nature The plural of やアシロ目のrare species を includes む, 21 kinds of のデータを新码にdetermination することができた. The accuracy of the analysis of the nuclear legacy has been improved, and the original 10 types of nuclear legacy have been determined, and the speed of evolution has been improved. The difference is low, the test is long, and the fish is high-order analysis, and the non-linked nuclear gene is 4 types (RIPK4, FICD, KIAA1239, Rhod) No. In the second half of the year, the system analysis of the fish included in the fish of the second half of the year, アシロ・ガマアンコウ鱼の, isられた全データセットをもちいた system analysis ならびに伝子configurationのanalytic を行なった. The final に, アシロ目では５family 40 species, ガマアンコウ目では 1 family 3 species, new regulations mtゲノムfull length arrangement をdeterminationした.これにOutgroup やデータベース上の both registered データ (partial arrangement をincluding む) をaddえ, the final に総 plan 206 kinds of を net する system tree を construction することができた.その results, 両目の単systematicはsupportされ,両者のsystempositionはスズキ Department of fishのmostもbaseにあたることもconfirmationされた. The phylogenetic tree of the 14 types of nuclear remains is the same as the phylogenetic tree, and the result of the mtゲノム is consistent.さらに, mtゲノムではsolvedしきれなかった inter-department system relationshipをsupplementうresultがgetられた. This study focuses on the fishes of the order of the fishes mtゲノムからは, the whole order is shared by the されるものや, the specific family もしくは is within the genusでShared されるものなど, 7パターンの新杝子configuration changeが発见された.これらのconfiguration changeは,それぞれのグループがdifferentiationするinteriorに生じたと见られ, specialな変动パターンの全が単systematicをsupportするマーカーとなることが明らかとなった.