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心内膜心筋生検試料のプロテオーム解析手法の確立と応用

心内膜心肌活检样本蛋白质组分析方法的建立及应用

基本信息

批准号：
20K08485
负责人：
若林真樹
金额：
$ 2.83万
依托单位：
National Cardiovascular Center Research Institute
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2020
资助国家：
日本
起止时间：
2020-04-01 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-20K08485/
关键词：
プロテオミクス心内膜心筋生検 FFPE OCT LC-MS 翻訳後修飾解析

项目摘要

基礎研究に利用可能なヒト心筋生検組織は非常に稀少で、入手は非常に困難である。そこで前年度までに解析手法を確立してきたホルマリン固定パラフィン包埋（FFPE）組織に加えてOCT包埋組織へもプロテオーム解析手法を適用可能とすることで、解析可能な心筋生検組織の入手可能性が高くなることを期待し、本年度はOCT包埋心筋組織を用いて効率よくプロテオーム解析を行う手法の確立を試みた。まず、OCT包埋マウス心筋組織から切り出した薄切切片に対して尿素・グアニジン・PTS法などを用いた通常の前処理手法（PTS法）を適用したところ、新鮮凍結組織の場合と比較してタンパク質の抽出・還元アルキル化・消化の効率が低下することが分かった。OCTコンパウンドは親水性で容易に除去可能と推測されたが、実際にはサイズ排除や逆相カラム等の手法を用いて除去する必要があった。また、薄切切片のように極微量の試料の場合には除去後に固相カラム上でそのまま前処理を完了することで、試料のロスを減らし、新鮮凍結組織と同様のデータを取得可能なことが分かった。本年度中にヒト臨床試料への応用を計画していたが、試料の入手が困難であったため、来年度に実試料が入手可能となり次第、実試料の分析を進める予定である。また、前年度までに開発したキャピラリーカラムを用いた前処理手法の再現性を向上するため、再現性の高いカラム作製手法の調整を行った。レーザープラーを用いたスプレーカラムの作製条件を１条件に最適化し、nanoLCシステムを用いて等圧負荷をかけてカラムの充填を行うことで、再現性良く分離用、分析用のキャピラリーカラムを作製可能な条件を確立した。

Basic research is very rare and difficult to use in the development of tissue engineering. In the past year, the analysis method was established. In the past year, the analysis method of fixed tissue embedding (FFPE) tissue was established. In the past year, the analysis method of OCT embedded tissue was established. In the past year, the analysis method of OCT embedded tissue was established. In the future, the analysis method of OCT embedded tissue was established. In addition, OCT embeds the tissue of the heart muscle, cuts it out, slices it out, and uses the usual pretreatment method (PTS method). In comparison with fresh frozen tissue, OCT embeds the tissue of the heart muscle, extracts it from the tissue, and reduces the rate of digestion. OCT is easy to remove due to its hydrophilicity, but it is necessary to remove it due to its anti-phase properties. In the case of thin slices and fine particles, it is possible to remove the solid phase from the sample, reduce the sample size, and obtain the same sample size from fresh frozen tissue. This year's clinical trial use plan, trial start difficulties, next year's trial start, trial analysis progress Reproducibility of pre-processing methods in previous years was improved, and adjustment of pre-processing methods in previous years was carried out. The conditions for the operation of nanoLC are optimized, and the conditions for the operation of nanoLC are optimized. The conditions for the operation of nanoLC are established.