びまん性大細胞型B細胞リンパ腫の臨床検体シーケンスによる腫瘍内不均一性の解明

通过弥漫性大 B 细胞淋巴瘤临床标本测序阐明瘤内异质性

• 批准号: 20K08725
• 负责人: 日下部 学
• 金额: $ 2.83万
• 依托单位: University of Tsukuba
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2020
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2020-04-01 至 2022-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-20K08725/
• 关键词: 悪性リンパ腫; びまん性大細胞型B細胞リンパ腫; シーケンス; 腫瘍内不均一性; 次世代シーケンス

筑波大学附属病院(以下当院)血液内科診療データベースより、当院にて診断目的にリンパ節生検が行われ、かつ、病理組織診断がびまん性大細胞型B細胞リンパ腫(Diffuse large B-cell lymphoma: DLBCL)と診断のついた症例を収集した。2015年5月から2020年12月までに診断された約200例のうち、新鮮検体より抽出したDNAが利用可能な症例は約80例であった。これらの症例の残余DNAは再利用可能な状態で当院検査部遺伝子検査室に保存されていることを確認した。それぞれの症例についてリンパ節生検での組織型、化学療法の有無、化学療法への反応性、生命予後などの臨床情報を収集した。また、病理組織診断目的に保存されているFFPE標本からのゲノムDNAを抽出する方法を確立した。検体固定からDNA抽出まで2年以上経過したFFPE標本から抽出したDNAの品質を確認すると、DNAの品質を示すDNA integrity number (DIN)は2以下であることも多く、シーケンスには適さないことがわかった。シーケンスライブラリの作製のため、標的遺伝子ごとにプライマーを設計し、コントロールDNAにてそのプライマーがワークすることを確認した。並行してパイロットサンプル、データにおいてはfastqファイルを材料として東京大学医科学研究所宮野悟研究室にて開発されたGenomon pipelineを用い、適切に運用できることを確認できた。

Tsukuba University Affiliated Hospital (hereinafter referred to as the hospital) Hematology Department Clinic and Treatment Department, Hospital Diagnostic Purpose Department Arthralgia 検が行われ、かつ、 Pathological diagnosis of large cell type B cell swelling (Diffuse large B-cell lymphoma: DLBCL) and diagnosis and treatment of cases and collection of cases. From May 2015 to December 2020, approximately 200 cases were diagnosed and DNA was extracted from fresh bodies, and approximately 80 cases of possible symptoms were diagnosed. The possible reuse status of the residual DNA of the patient's case has been confirmed by the hospital's investigation department and the sub-examination room.それぞれの Symptoms についてリンパ生検での tissue type, presence or absence of chemotherapy, chemotherapy へのreaction, life-saving clinical information を collection した.また、The purpose of pathological tissue diagnosis is to preserve FFPE specimens and to extract DNA and to establish the method. The body is fixed and the DNA is extracted. The FFPE specimen has been used for more than 2 years. The DNA is extracted and the quality is confirmed. DNA quality is displayed. DNA integrity number (DIN) 2 or below, であることも多く, シーケンスには Adaptable さないことがわかった. Produced by シーケンスライブラリののため, designed by ごとにプライマーをし、コントロールDNAにてそのプライマーがワークすることをconfirmationした. Parallel してパイロットサンプル、データにおいてはfastqファイルをmaterial Materials and material Genomon opened by Miyano Satoru Laboratory, Institute of Medical Sciences, University of Tokyo The pipeline is used and the appropriate application is confirmed.

项目成果

The prognosis for OIIA-LPD was favorable regardless of response to immunosuppressant withdrawal

无论对免疫抑制剂戒断反应如何，OIIA-LPD 的预后均良好

• 发表时间: 2020
• 作者: Manabu Kusakabe;Daisuke Kaji，Mamiko Sakata-Yanagimoto，Yasuhito Suehara，Keiichiro Hattori，Yasunori Ota，Mitsuhiro Yuasa，Kosei Kageyama，Yuki Taya，Shinsuke Takagi，Hisashi Yamamoto，Yuki Mori，Naoyuki Uchida，Atsushi Wake，Shuichi Taniguchi，Go Yamamoto，Shigeru Ch
• 通讯作者: Daisuke Kaji，Mamiko Sakata-Yanagimoto，Yasuhito Suehara，Keiichiro Hattori，Yasunori Ota，Mitsuhiro Yuasa，Kosei Kageyama，Yuki Taya，Shinsuke Takagi，Hisashi Yamamoto，Yuki Mori，Naoyuki Uchida，Atsushi Wake，Shuichi Taniguchi，Go Yamamoto，Shigeru Ch

Early administration of cyclosporine may reduce the incidence of cytokine release syndrome after HLA-haploidentical hematopoietic stem-cell transplantation with post-transplant cyclophosphamide

• DOI: 10.1007/s00277-021-04439-6
• 发表时间: 2021-02-12
• 期刊: ANNALS OF HEMATOLOGY
• 影响因子: 3.5
• 作者: Kurita, Naoki;Sakamoto, Tatsuhiro;Chiba, Shigeru
• 通讯作者: Chiba, Shigeru