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Derivation of spatial rules of hetero-synaptic plasticity using the simulation of dendritic reaction-diffusion simulation

Derivation of spatial rules of hetero-synaptic plasticity using the simulation of dendritic reaction-diffusion simulation
利用树突反应扩散模拟推导异质突触可塑性的空间规则
批准号:
20K12062
负责人:
浦久保 秀俊
金额:
$2.75万
依托单位国家:
日本
项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份:
2020
资助国家:
日本
项目状态:
已结题
起止时间:
2020-04-01 至 2024-03-31

项目摘要

项目成果

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まず、シミュレーション結果とスパイン形状の関係を定量的に評価するため、スパインの形状の手動ラベルを補助すると共にスパイン特徴量を導出するソフトウェアを開発した(UNI-EM Annotator)。樹状突起を3次元表示すると共にスパイン部分を手動でラベルできるようにし、ラベルされたスパインの体積・表面積・長さなどの特徴量を計算できるようにした。続いてGPUシミュレータLattice Microbesを用い、ヘテロシナプス可塑性の入力を導くシナプス刺激を行って(6シナプス同時刺激,0.5 Hz,30回)、その際のCa2+シグナル,CaNシグナルのシミュレーションを行った。その結果、シナプス刺激は幹となる樹状突起においてIP3受容体を刺激して、Ca2+-induced Ca2+ release (CICR) が生じて樹状突起Ca2+シグナルがCaN活性を導くことが明らかとなった。CaN活性は首(ネック)が太いスパインへ優先的に拡散することも明らかとなった、これは、ネックが太いスパインにおいてヘテロシナプス可塑性が優先的に生じる可能性を示唆する。スパインネックの太さを実験で観測することは困難であるが、スパインを対象にしたFRAP実験の回復時定数からネックの太さを推測することができる。そこで、現在は、共同研究をお願いして実験実証の可能性を検討している。さらに、樹状突起におけるCICRは細胞内小胞体(ER)の形状に依存して不均質に生じることも示唆されており、対応する実験との比較対照を進める予定である。
期刊论文(17)
专著(0)
科研奖励(0)
会议论文
DOI: --
发表时间: 2023
期刊:
影响因子: --
作者: [Vikas Pandey, Tomohisa Hosokawa, Yasunori Hayashi, Hidetoshi Urakubo]
通讯作者: Hidetoshi Urakubo
Simulation of spatiotemporal signaling dynamics for synaptic plasticity using technologies for EM connectomics
使用 EM 连接组学技术模拟突触可塑性的时空信号动力学
DOI: --
发表时间: 2021
期刊:
影响因子: --
作者: [Kobayashi Chiaki, Okamoto Kazuki, Mochizuki Yasuhiro, Urakubo Hidetoshi, Funayama Kenta, Ishikawa Tomoe, Kashima Tetsuhiko, Ouchi Ayako, Szymanska Agnieszka F., Ishii Shin, Ikegaya Yuji, Hidetoshi Urakubo]
通讯作者: Hidetoshi Urakubo
記憶とドーパミンの関係:新しい計算モデル
记忆与多巴胺之间的关系:一种新的计算模型
DOI: --
发表时间: 2022
期刊: Clinical neuroscience
影响因子: --
作者: [謝祺琳, 中野雄太, 酒井佑介, 笠原浩太, 肥後順一, 中山勝文, 高橋卓也, 浦久保 秀俊]
通讯作者: 浦久保 秀俊
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1009364
发表时间: 2021-09
期刊: PLoS computational biology
影响因子: 4.3
作者: [Urakubo H, Yagishita S, Kasai H, Kubota Y, Ishii S]
通讯作者: Ishii S
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