nCounterを用いた遺伝子発現解析による肺扁平上皮癌と頭頚部癌肺転移の鑑別

使用 nCounter 进行基因表达分析区分肺鳞状细胞癌和头颈癌肺转移

• 批准号: 20K16429
• 负责人: 一瀬 淳二
• 金额: $ 2.66万
• 依托单位: Japanese Foundation for Cancer Research
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
• 财政年份: 2020
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2020-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-20K16429/
• 关键词: nCounter; 肺扁平上皮癌; 頭頚部癌; 肺転移; 遺伝子発現解析; RNA; 扁平上皮癌; 肺癌; 鑑別

本研究は、病理組織学的検査および免疫組織化学的検査によって鑑別困難である、原発性肺扁平上皮癌と頭頚部扁平上皮癌肺転移の鑑別をnCounterを用いた遺伝子発現解析によって行うことを目的としている。当院病理部に保管されているホルマリン固定検体から、頭頚部癌既往のない原発性肺扁平上皮癌20例の肺腫瘍検体、頭頸部扁平上皮癌19例の転移リンパ節検体、頭頸部扁平上皮癌の既往を有する患者に生じた肺の扁平上皮癌（原発性肺癌か転移性肺腫瘍か未確定）18例の肺腫瘍検体よりRNAを抽出した。RNAの質が良好であることを確認した後に、nCounter核酸デジタルカウントシステムを用いてnCounter PanCancer Pathways Panel 730遺伝子の発現量を調べた。解析ソフトnSolver4.0を使用して遺伝子発現データのチェックおよび標準化を行い、遺伝子発現データが問題なく得られたことを確認した。本研究で得られた遺伝子発現データを用いてロジスティック回帰分析、ラッソ回帰分析、主成分解析などを行い鑑別アルゴリズムの作成を行い、一定の精度での識別が可能であることを確認した。さらに精度を向上させる目的で、がんゲノムデータベースthe Cancer Genome Atlas(TCGA)の公開データより頭頚部扁平上皮癌および肺扁平上皮癌のデータをダウンロードし、機械学習による解析を行って鑑別に有用な遺伝子の抽出を行った。この抽出された遺伝子について、本研究で得られたnCounter遺伝子発現データをもとに鑑別アルゴリズムの作成を行った。

In this study, the examination of pathological histology and examination of immunohistochemistry showed that identification is difficult and primary pulmonary squamous epithelial carcinoma was investigated. Differentiation of pulmonary metastasis of local squamous epithelial carcinoma by Counter. The pathological department of the hospital keeps the fixed body of the fixed body and the history of head and neck cancer. 20 cases of leprosy lung squamous cell carcinoma, 19 cases of head and neck squamous cell carcinoma, and 19 cases of head and neck squamous cell carcinoma were investigated. There have been 18 cases of squamous cell carcinoma of the lungs and squamous cell carcinoma of the head and neck (undetermined) in the past. 18 cases of squamous cell carcinoma of the lungs and squamous cell carcinoma of the head and neck have been extracted. After confirming the quality of RNA, use nCounter PanCancer Pathways Panel to confirm the quality of RNA. 730 The remaining amount of the child is the amount of adjustment. Analysis of ソフトnSolver4.0をUsing the して缝子発成データのチェックおよびstandardized を行い, 缝子発 appear データがquestion なく got られたことをconfirmed した. In this study, we used いてロジスティック帰analysis, ラッソ帰analysis, and principal component decomposition to achieve データをAnalyze the line of identification, make the line of analysis, identify the line of identification with a certain accuracy, and confirm it with certain accuracy. The Cancer Genome Atlas (TCGA) Publication of Squamous Epithelial Carcinoma of the Head and Squamous Cells of the Lungsタをダウンロードし, machine learning によるanalytics を行ってidentificationにusefulな伝子の出を行った.この出された伝子について、This study is doneられたnCount ER弝子発 appear データをもとにidentificationアルゴリズムの成を行った.