救急現場オンサイトでの迅速感染症診断を可能にする超小型シークエンスシステムの確立

建立超紧凑测序系统，可在紧急情况下快速现场诊断传染病

• 批准号: 20K17880
• 负责人: 中村 文子
• 金额: $ 2.66万
• 依托单位: Kansai Medical University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
• 财政年份: 2020
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2020-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-20K17880/
• 关键词: MinION; 迅速細菌同定法; ナノポアシークエンサー

感染およびそれに伴う合併症対策は救急集中治療分野における最重要課題である。感染管理の抗菌薬の適正投与は病原菌の同定が重要情報となるが、現在の標準的検査の細菌培養法は精度や迅速性に置いて解決すべき問題点である。救急医療の現場に置いて直面する重篤かつ多岐にわたる感染症の診断ツールとしてMinIONを用いた迅速細菌同定法の有用性を検証し、臨床的アウトカムの向上に繋がる技術基盤を確立することを目的とする。感染およびそれに伴う合併症対策は救急・集中治療分野における最重要課題の一つである。感染管理での抗菌薬の適性投与は病原菌の同定が重要情報となるが、現在の標準的検査の細菌培養法は精度や迅速性に置いて解決すべき問題点がある。報告者は遺伝子解析における革新的技術であるナノポアシークエンサーMinIONを活用し、検体取得から3時間以内に病原菌を種レベルで同定することに成功した。救急医療の現場において直面する重篤かつ多岐にわたる感染症例の診断ツールとしてMinIONを用いた迅速細菌同定法の有用性を検証し、臨床的アウトカムの向上に繋がる技術基盤を確立することを目的とする。医療現場での即時細菌検査を可能にするMinIONシークエンシング技術を活用し、これまで困難であった技術経過に伴う細菌プロファイルの変動と病態との関連性を明らかにし、より適切な感染予防・抗菌薬治療を実現するためにエビデンス構築を目指す。本学高度救命救急センターに搬送された感染症患者を対象とし、腹水（腹腔内感染症）、胸水（胸腔内感染症）、喀痰（呼吸器感染症）、尿（尿路感染症）等の採取を行う。また、人工呼吸器管理となった患者より定期的に喀痰サンプルを採取し、人工呼吸器関連肺炎について病態との関連性を検証する。得られた検体は分割し、MinIONによる解析と並行して一般細菌培養検査による菌種同定を行う。

The most important topic of infection and complication management is emergency treatment. The proper administration of antimicrobial agents for infection management and identification of pathogens are important information, and the accuracy and rapidity of current standard bacterial culture methods are important for solving problems. The purpose of establishing a technical base for rapid identification of bacteria in the field of emergency medicine is to examine the usefulness of rapid identification of bacteria in the field of emergency medicine. The most important topic of infection and complications is emergency treatment and intensive treatment. The suitability of antimicrobial agents for infection management and identification of pathogens are important information, and the accuracy and rapidity of current standard bacterial culture methods for detection are key issues. The reporter successfully identified the pathogen within 3 days of its acquisition by using innovative technology for gene analysis. The purpose of establishing a technical basis for rapid identification of bacteria in the field of emergency medicine is to examine the usefulness of rapid identification of bacteria in the field of emergency medicine. Real-time bacterial detection in the medical field is possible, and the technology is difficult to use, and the technology is accompanied by the correlation between bacterial movement and pathology, and the relationship between infection prevention and antimicrobial therapy is clear and appropriate. The department takes measures to transport patients with infections, ascites (intra-abdominal infections), pleural effusion (intra-thoracic infections), sputum (respiratory infections), urine (urinary tract infections), etc. In addition, the management of artificial respirators, patients, and periodic monitoring and evaluation of the relationship between artificial respirator-associated pneumonia and morbidity are discussed. In addition, the identification of species in general bacterial culture was carried out.

项目成果

救急現場オンサイトでの迅速感染症診断を可能にする超小型シークエンスシステムの確立

建立超小型测序系统，可在紧急情况下快速现场诊断传染病

• 发表时间: 2020
• 作者: 三浦智孝;鈴木景子;北川雄一郎;鈴木浩大;吉田隆浩;岡田英志;手塚宜行;小倉真治;中村文子
• 通讯作者: 中村文子