Globale Suche und funktionelle Charakterisierung kleiner, nicht-kodierender RNAs in Bacillus subtilis

枯草芽孢杆菌中小非编码 RNA 的全局搜索和功能表征

• 批准号: 31641175
• 负责人: Dr. Matthias Schmalisch
• 金额: --
• 依托单位: Department of Molecular and Cellular Biology
• 依托单位国家: 德国
• 项目类别: Research Fellowships
• 财政年份: 2006
• 资助国家: 德国
• 起止时间: 2005-12-31 至 2008-12-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://gepris.dfg.de/gepris/projekt/31641175?language=en
• 关键词: Globale; Suche; und; funktionelle; Charakterisierung

Als nicht-kodierende RNAs bezeichnet man Transkripte, die im Gegensatz zur mRNA nicht in Proteine übersetzt werden, sondern ihre Funktion direkt als RNA-Molekül ausüben. Neben den transfer-RNAs und den ribosomalen-RNAs gibt es noch eine Fülle weiterer nicht-kodierender RNAs, die man aufgrund ihrer geringen Größe auch als small RNAs (sRNAs) bezeichnet. Die Funktionsprinzipien dieser sRNAs sind dabei vielfältig, und sie üben ihre Funktion z. B. durch direkte RNA-RNA-Interaktion oder durch Protein-RNA-Wechselwirkung aus. Anfänglich als Sonderform der genetischen Regulation bei Plasmiden, Transposons und in Phagen beschrieben, haben sich nicht-kodierende RNAs als wichtige Gruppe von Regulatoren sowohl in Pro- als auch in Eukaryonten herausgestellt. In den letzten Jahren begannen daher mehrere systematische Suchen nach sRNAs. Dabei konzentrierten sich die Bemühungen hauptsächlich auf Eukaryonten und auf gram-negative Bakterien wie z. B. Escherichia coli. In dem gram-positiven Modellorganismus Bacillus subtilis hingegen wurde bis jetzt keine systematische Suche nach nicht-kodierenden RNAs durchgeführt. Die Anzahl bekannter sRNAs in B. subtilis ist daher gering, und es sind vor allem homologe sRNAs, die bis jetzt identifiziert wurden. Aus diesem Grund soll im Rahmen dieser Arbeit die erste genomweite Suche nach nichtkodierenden RNAs in B. subtilis durchgeführt werden. Der Schwerpunkt liegt dabei in der Identifizierung neuer sRNAs, die durch zwei verschiedene Ansätze erfolgen soll: 1. Transkriptionsanalysen mit Hilfe eines Mikroarrays, der alle intergenischen Regionen von B. subtilis enthält. 2. Die Herstellung einer Plasmidbibliothek kleiner RNA-Transkripte. Diese Plasmidbibliothek soll darüber hinaus helfen sRNAs zu identifizieren, die in bekannte Regulationssysteme eingreifen. In einem weiteren Aspekt dieser Arbeit sollen mit Hilfe eines neuen Ansatzes Zielgene identifiziert werden, mit denen bekannte, aber noch nicht näher charakterisierte RNAs interagieren.

在蛋白质韦尔登过程中，RNAs分子的功能直接影响mRNA的合成。除了转移RNA和核糖体RNAs之外，还存在一种非编码RNAs，这种RNAs也被称为小RNA（sRNA）。这些sRNAs的功能是非常强大的，它们的功能是相同的。B。通过直接RNA-RNA相互作用或通过蛋白质-RNA相互作用。作为质粒、转座子和噬菌体遗传调控的一种形式，在真核生物中，这些RNA在蛋白质中也有类似的调节作用。在过去的几年里，人们开始对sRNAs进行系统的研究。Dabei konzentrierten sich die Bemühungen hauptsächlich auf Eukaryonten and auf gram-negative Bakterien wie z. B。大肠埃希菌在革兰氏阳性模式生物枯草芽孢杆菌中，没有系统性的RNA表达。在B中标记sRNAs。枯草芽孢杆菌是一种很有前途的细菌，它与所有的sRNAs同源，因此需要进一步鉴定。由于第一个基因组在B中没有发现RNA，因此在拉曼光谱中发现了这一点。枯草韦尔登。Schwerpunkt在识别新的sRNAs中起重要作用，通过两种验证方法获得：1。利用一个微阵列，对所有B区进行跨层分析。subtilis enthält. 2.该病毒是一种RNA转录质粒载体。这些质粒文库有助于sRNAs的鉴定，并可作为一种调节系统。在另一个方面，这项工作需要一个新的韦尔登识别工具，它可以识别，但还没有更好的特征RNA相互作用。