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The genetic basis of DNA methylation in rice

水稻DNA甲基化的遗传基础

基本信息

批准号：
20K22671
负责人：
佐々木江理子
金额：
$ 1.83万
依托单位：
Kyushu University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Research Activity Start-up
财政年份：
2020
资助国家：
日本
起止时间：
2020-09-11 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

本研究では、モデル植物イネにおいて、トランスポゾンの活性を調節するゲノム防御システムであるDNAメチル化形質がどのように栽培化に関与したのかという問いに答えるため、イネ野生系統、栽培系統についてDNAメチル化表現型の定量と集団間の比較を行なった。長い栽培化の歴史を持つイネには、遺伝的な多様性に富む共通の祖先野生集団 Oryza rufipogonから派生したジャポニカとインディカという2つの大規模な栽培集団が存在し、ジャポニカとインディカ間では平均DNAメチル化量に約1.6倍という大きな違いがある他、トランスポゾンの転写活性が異なる事が報告されている(Li et al. 2012, BMC Genomics)。2020年度に実施した、栽培系統および野生系統を含む24系統のDNAメチル化シークエンスの結果からは、DNAメチル化の種内のバリエーションが自生（栽培）地の環境よりも集団構造を強く反映していることが示唆された。そこで2021年度は、イネ系統間のメチル化量を決定する原因遺伝子座を決定するため、ジャポニカ、インディカおよびこれらの野生系統を含む96系統のイネ実生を対象にゲノムワイドDNAメチル化シークエンスを行い、詳細なデータの取得を行なった。栽培系統に比べ、野生系統は全般的に高いDNAメチル化レベルを示すという傾向を示す一方で、従来の報告に比べてメチル化のゲノム平均レベルがいずれも低く、組織あるいは生育ステージによる違いが示唆された。さらにイネDNAメチル化変異体のデータを利用して、メチル化のターゲットとなるトランスポゾンを特定し、各系統におけるトランスポゾンのメチル化レベルの評価を行なった。今後は、これらのリソースと量的遺伝学的なアプローチで原因遺伝子座の探索を実施する予定である。

In this study, the では, モデル Plant イネにおいて, トランスポゾンのActivity をSectional Defense System Defense System DNA System Transformation Form Material System Cultivation of the relationship between cultivation and cultivation, wild system, and cultivation system Quantitative analysis of DNA phenotypes and comparison between groups. Oryza, a long-cultivated history, a common ancestry, and a common ancestral wild collection. Rufipogon から Derived したジャポニカとインディカという2つのlarge-scale な cultivation The average amount of DNA oxidation in the set of collections, ジャポニカとインディカ间では is about 1.6 times.う大きなviolationいがある Him, トランスポゾンの転WRITING ACTIVITIES がdifferent なる事がreport されている(Li et al. 2012, BMC Genomics). In 2020, the cultivation system and the wild system contain the 24-system DNA and the result of the system, D NA メチル化ののバリエーションが spontaneous (cultivation) local environment よりもassemble structure をstrong くしていることが Show 唆された. Reasons for the determination of the volume of そこで2021 and イネsystemsするため、ジャポニカ、インディカおよびこれらのWild system を 96 system のイネ実生を対Elephant にゲノムワイドDN Aメチル化シークエンスを行い、DetailsなデータのGET を行なった. The cultivated system is higher than the wild system, and the wild system is the same. The DNA is high and the DNA is high. It is lower than the average level of べてメチル化のゲノムmean level. , Organization of childbearing and childbearing.さらにイネDNA modified allogeneic のデータをutilizationして、メチル化のターゲットとなるトランスポゾンをspecificし, each system におけるトランスポゾンのメチル化レベルの Comment価を行なった. From now on, we will continue to explore the cause of the legacy of the legacy of learning the legacy of the legacy.