Genomic Epidemiological Study of Mycobacteria circulating in Indonesia

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2022年度はMLSTデータベースの拡張と引き続き構築したリアルタイム同定システムの実証評価を行った。データベース拡張により、同定可能な菌種がこれまでの175種から212種となり、加えて種名が定まっていない162種のMycobacterium sp.を含むデータベースを構築した。また亜種についてはこれまでの M. abscessus 亜種等も含む全16亜種が同定可能となった。2022年度もコロナ禍の影響によりインドネシアへ渡航できる状況になかったため、構築したリアルタイム同定システムの評価を行うべく、分担研究機関である琉球大学―大阪大学間で、計3回に渡ってリアルタイム同定システムを用いた非結核性抗酸菌症患者の喀痰より取得された培養検体24検体の評価シークエンシングを実施した。これらのうち10検体は、亜種によって薬剤感受性が異なることから正確な同定が必要とされている Mycobacterium abscessus であることが解析の結果判明したが、いずれの検体においてもリアルタイムでの亜種レベルの同定を行うことに成功した。また他の検体についても亜種レベルでの同定を行うことができた。M. abscessus についてはNTM症の治療におけるキードラッグであるクラリスロマイシンおよびアミカシンの耐性についても変異を特定し、薬剤耐性予測を行った。2023年度は、海外共同研究者である Karunawati 副医学部長の協力のもと、この解析システムをインドネシア大学およびその連携病院へ導入し、インドネシアにおける結核の疫学調査の実施を進める。