Genomic Epidemiological Study of Mycobacteria circulating in Indonesia

印度尼西亚流行分枝杆菌的基因组流行病学研究

• 批准号: 20KK0179
• 负责人: 中村 昇太
• 金额: $ 11.9万
• 依托单位: Osaka University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Fund for the Promotion of Joint International Research (Fostering Joint International Research (B))
• 财政年份: 2020
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2020-10-27 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-20KK0179/
• 关键词: 結核; 非結核性抗酸菌症; MLST; 分子疫学

2022年度はMLSTデータベースの拡張と引き続き構築したリアルタイム同定システムの実証評価を行った。データベース拡張により、同定可能な菌種がこれまでの175種から212種となり、加えて種名が定まっていない162種のMycobacterium sp.を含むデータベースを構築した。また亜種についてはこれまでの M. abscessus 亜種等も含む全16亜種が同定可能となった。2022年度もコロナ禍の影響によりインドネシアへ渡航できる状況になかったため、構築したリアルタイム同定システムの評価を行うべく、分担研究機関である琉球大学―大阪大学間で、計3回に渡ってリアルタイム同定システムを用いた非結核性抗酸菌症患者の喀痰より取得された培養検体24検体の評価シークエンシングを実施した。これらのうち10検体は、亜種によって薬剤感受性が異なることから正確な同定が必要とされている Mycobacterium abscessus であることが解析の結果判明したが、いずれの検体においてもリアルタイムでの亜種レベルの同定を行うことに成功した。また他の検体についても亜種レベルでの同定を行うことができた。M. abscessus についてはNTM症の治療におけるキードラッグであるクラリスロマイシンおよびアミカシンの耐性についても変異を特定し、薬剤耐性予測を行った。2023年度は、海外共同研究者である Karunawati 副医学部長の協力のもと、この解析システムをインドネシア大学およびその連携病院へ導入し、インドネシアにおける結核の疫学調査の実施を進める。

In 2022, the MLST system was established and evaluated. 175 species, 212 species and 162 species of Mycobacteria sp. were identified.また亜种についてはこれまでの M. Abscessus species, including all 16 species, can be identified. In 2022, the evaluation of the impact of the disease on the development and development of a common system was carried out, and the evaluation of the development and development of a common system was carried out. The evaluation of the development and development of a common system between Ryukyu University and Osaka University was carried out in 24 culture samples obtained from patients with non-tuberculous acid resistance. The results of the analysis show that the identification of the species is successful. He is the only one who has the right to do so. M. Abscessus treatment of NTM syndrome, treatment of NTM, treatment of NTM, In 2023, the overseas co-investigator invited Karunawati, deputy medical minister, to cooperate with the Ministry of Health and the Ministry of Health to analyze the situation of tuberculosis.

项目成果

非結核性抗酸菌の迅速その場同定

非结核分枝杆菌的快速原位鉴定

• 发表时间: 2022
• 作者: Hiroyuki Ootomo;Rio Yokota;中村昇太
• 通讯作者: 中村昇太

The impact of adjuvant surgical treatment of nontuberculous mycobacterial pulmonary disease on prognosis and outcome

• DOI: 10.1186/s12931-020-01420-1
• 发表时间: 2020-06-16
• 期刊: RESPIRATORY RESEARCH
• 影响因子: 5.8
• 作者: Fukushima, Kiyoharu;Miki, Mari;Kida, Hiroshi
• 通讯作者: Kida, Hiroshi