Single-molecule visualization of epigenetic gene expression using DNA origami

使用 DNA 折纸对表观遗传基因表达进行单分子可视化

• 批准号: 21H02057
• 负责人: 遠藤 政幸
• 金额: $ 11.23万
• 依托单位: Kansai University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
• 财政年份: 2021
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2021-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21H02057/
• 关键词: 遺伝子発現; エピジェネティクス; 1分子観察; 原子間力顕微鏡; DNAオリガミ; 高速原子間力顕微鏡; ヌクレオソーム; エピジェネティックズ

本研究では、遺伝子発現の制御に連動する配列化されたヌクレオソーム多量体の高次構造について、これらをDNAオリガミ構造体に集積し、DNAオリガミの持つ空間を使って、高速原子間力顕微鏡（高速AFM）により動的な状態で一分子の解像度で可視化する技術を開発する。複数のヌクレオソームが結合した複合体を作成するため、6個あるいは12個のヌクレオソーム結合サイト間の距離を制御したDNA鎖を合成した。これら複数の結合サイトを持つDNA鎖を使い、ヒストン8量体を再構成した。また、これらを導入し観察するためのDNAオリガミ構造体を作製した。一方でヌクレオソームの安定化を図るため2本鎖DNAの複数のサイトを結合する手法を検討した。異なる配列を認識する2個のDNA結合分子(dCas9)をDNA鎖によってつなぎ、長鎖のDNA鎖内の任意の2箇所を結合する手法を開発した。前年度に引き続き外部からの物理的な刺激による細胞内での遺伝子発現の操作について検討を行った。細胞は外部の細胞外マトリックスの硬軟に応答して細胞の形態変化とそれに伴った関連する遺伝子の発現が変化する。光に応答して剛直な直鎖状または軟化した形状に変化するDNAナノ構造体を開発し、これを細胞外マトリックスとして、光の波長に応答した細胞形態の観察を行い可逆的な伸縮変化の操作に成功した。可逆的なDNAナノ構造体の光操作に伴い細胞内部遺伝子群の発現を操作する手法を開発できた。

In this study, we developed a new technique for the visualization of molecular resolution in high-order structures, DNA aggregation, DNA fragmentation, and space, high-speed atomic force microscopy (AFM), and high-speed atomic force microscopy. The distance between the two binding sites is controlled by DNA sequencing. The combination of DNA lock and DNA lock can be reconstructed. The structure of DNA was prepared by introducing DNA into the genome. A method for the stabilization of a DNA sequence is discussed. Two DNA binding molecules (dCas9) are recognized in different sequences, and the method of binding any two DNA binding molecules in the DNA lock is developed. In the past year, the physical stimulation of the external environment and the operation of the intracellular gene generation were discussed. Cell morphology changes due to the hard and soft surface of the extracellular matrix, and the development of the protein. The DNA structure was successfully developed by light in a straight lock shape, and the cell morphology was observed by light in a reversible manner. The development of a method for manipulating the generation of reversible DNA constructs accompanied by intracellular DNA subpopulations

项目成果

Molecular Robotics: An Introduction (S. Murata Ed.) Molecular Nanotechnology for Molecular Robotics

分子机器人学：简介（S. Murata Ed.）分子机器人学的分子纳米技术

• 发表时间: 2022
• 作者: 瀧川紘;加藤律希;田渡司;山岡 庸介;高須清誠;M. Endo
• 通讯作者: M. Endo

Nanoscopic observation of a DNA crystal surface and its dynamic formation and degradation using atomic force microscopy

使用原子力显微镜对 DNA 晶体表面及其动态形成和降解进行纳米观察

• DOI: 10.1039/d0cc07458f
• 发表时间: 2021
• 期刊: Chemical Communications
• 影响因子: 4.9
• 作者: Eki Haruhiko;Abe Katsuhiko;Sugiyama Hiroshi;Endo Masayuki
• 通讯作者: Endo Masayuki

講談社サイエンティフィック『核酸科学ハンドブック』 「DNAオリガミを利用した１分子可視化と計測」

讲谈社科学“核酸科学手册”“使用DNA折纸的单分子可视化和测量”

• 发表时间: 2021
• 作者: Moriyama Takahiro;Mizukami Daiki;Yoritate Makoto;Usui Kazuteru;Takahashi Daisuke;Ota Eisuke;Sodeoka Mikiko;Ueda Tadashi;Karasawa Satoru;Hirai Go;遠藤 政幸
• 通讯作者: 遠藤 政幸

A Hexameric Ribozyme Nanostructure Formed by Double‐Decker Assembly of a Pair of Triangular Ribozyme Trimers

一对三角形核酶三聚体双层组装形成的六聚核酶纳米结构

• DOI: 10.1002/cbic.202100573
• 发表时间: 2022
• 期刊: ChemBioChem
• 影响因子: 3.2
• 作者: Yu Kai;Hidaka Kumi;Sugiyama Hiroshi;Endo Masayuki;Matsumura Shigeyoshi;Ikawa Yoshiya
• 通讯作者: Ikawa Yoshiya

Biomimetic DNA Nanotechnology to Understand and Control Cellular Responses

仿生 DNA 纳米技术了解和控制细胞反应

• DOI: 10.1002/cbic.202100446
• 发表时间: 2022
• 期刊: ChemBioChem
• 影响因子: 3.2
• 作者: Sethi Soumya;Sugiyama Hiroshi;Endo Masayuki
• 通讯作者: Endo Masayuki