Single-molecule visualization of epigenetic gene expression using DNA origami
使用 DNA 折纸对表观遗传基因表达进行单分子可视化
基本信息
- 批准号:21H02057
- 负责人:
- 金额:$ 11.23万
- 依托单位:
- 依托单位国家:日本
- 项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
- 财政年份:2021
- 资助国家:日本
- 起止时间:2021-04-01 至 2024-03-31
- 项目状态:已结题
- 来源:
- 关键词:
项目摘要
本研究では、遺伝子発現の制御に連動する配列化されたヌクレオソーム多量体の高次構造について、これらをDNAオリガミ構造体に集積し、DNAオリガミの持つ空間を使って、高速原子間力顕微鏡(高速AFM)により動的な状態で一分子の解像度で可視化する技術を開発する。複数のヌクレオソームが結合した複合体を作成するため、6個あるいは12個のヌクレオソーム結合サイト間の距離を制御したDNA鎖を合成した。これら複数の結合サイトを持つDNA鎖を使い、ヒストン8量体を再構成した。また、これらを導入し観察するためのDNAオリガミ構造体を作製した。一方でヌクレオソームの安定化を図るため2本鎖DNAの複数のサイトを結合する手法を検討した。異なる配列を認識する2個のDNA結合分子(dCas9)をDNA鎖によってつなぎ、長鎖のDNA鎖内の任意の2箇所を結合する手法を開発した。前年度に引き続き外部からの物理的な刺激による細胞内での遺伝子発現の操作について検討を行った。細胞は外部の細胞外マトリックスの硬軟に応答して細胞の形態変化とそれに伴った関連する遺伝子の発現が変化する。光に応答して剛直な直鎖状または軟化した形状に変化するDNAナノ構造体を開発し、これを細胞外マトリックスとして、光の波長に応答した細胞形態の観察を行い可逆的な伸縮変化の操作に成功した。可逆的なDNAナノ構造体の光操作に伴い細胞内部遺伝子群の発現を操作する手法を開発できた。
This study で は, but 伝 発 is の suppression に correlation す る match column change さ れ た ヌ ク レ オ ソ ー ム much quantity body の high secondary tectonic に つ い て, こ れ ら を DNA オ リ ガ ミ constructs に set product し, DNA オ リ ガ ミ の hold つ space を make っ て, high-speed interatomic force 顕 micro mirror (AFM) high-speed に よ り dynamic state of な で a molecular の resolution で visualization す る skill Technique を development する. Plural の ヌ ク レ オ ソ ー ム が combining し た complex を made す る た め, 6 あ る い は 12 の ヌ ク レ オ ソ ー ム combining サ イ の distance between ト を suppression し た を synthetic DNA lock し た. The <s:1> れら complex <s:1> binds to the サ トを トを トを holds the <s:1> DNA lock を, causing the を, ヒスト <s:1> 8 quantities を to re-form the た た. Youdaoplaceholder0 and た れらを are used to introduce <s:1> 観 to observe するため <s:1> DNA するため リガ <s:1> the を tension structure を to fabricate た. Party で ヌ ク レ オ ソ ー ム の stabilization を 図 る た め 2 this lock の DNA complex の サ イ ト を combining す る gimmick を beg し 検 た. Different な る match column を know す る 2 の DNA binding molecules (dCas9) を DNA lock に よ っ て つ な ぎ, long locked の DNA の arbitrary の 2 を by combining す る gimmick を open 発 し た. Lead before the annual に き 続 き external か ら の physical な stimulus に よ る intracellular で の heritage 伝 son 発 の now operating に つ い て 検 line for を っ た. Cell は external の extracellular マ ト リ ッ ク ス の に hard and soft 応 answer し の て cells morphology variations と そ れ に with っ た masato even す る heritage 伝 son の 発 が now - the す る. Light に 応 answer し て upright and outspoken な straight lock ま た は softening し た shape に variations change す る DNA ナ ノ constructs を open 発 し, こ れ を extracellular マ ト リ ッ ク ス と し て, optical wavelength の に 応 answer し た cells form の 観 examine を line い な telescopic variations of reversible の に operation successful し た. Reversible な DNA ナ ノ constructs の light に operation with い intracellular heritage 伝 subgroup の 発 を now operating す る gimmick を open 発 で き た.
项目成果
期刊论文数量(26)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
Molecular Robotics: An Introduction (S. Murata Ed.) Molecular Nanotechnology for Molecular Robotics
分子机器人学:简介(S. Murata Ed.)分子机器人学的分子纳米技术
- DOI:
- 发表时间:2022
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:瀧川紘;加藤律希;田渡司;山岡 庸介;高須清誠;M. Endo
- 通讯作者:M. Endo
Nanoscopic observation of a DNA crystal surface and its dynamic formation and degradation using atomic force microscopy
使用原子力显微镜对 DNA 晶体表面及其动态形成和降解进行纳米观察
- DOI:10.1039/d0cc07458f
- 发表时间:2021
- 期刊:
- 影响因子:4.9
- 作者:Eki Haruhiko;Abe Katsuhiko;Sugiyama Hiroshi;Endo Masayuki
- 通讯作者:Endo Masayuki
講談社サイエンティフィック『核酸科学ハンドブック』 「DNAオリガミを利用した1分子可視化と計測」
讲谈社科学“核酸科学手册”“使用DNA折纸的单分子可视化和测量”
- DOI:
- 发表时间:2021
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:Moriyama Takahiro;Mizukami Daiki;Yoritate Makoto;Usui Kazuteru;Takahashi Daisuke;Ota Eisuke;Sodeoka Mikiko;Ueda Tadashi;Karasawa Satoru;Hirai Go;遠藤 政幸
- 通讯作者:遠藤 政幸
A Hexameric Ribozyme Nanostructure Formed by Double‐Decker Assembly of a Pair of Triangular Ribozyme Trimers
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- DOI:10.1002/cbic.202100573
- 发表时间:2022
- 期刊:
- 影响因子:3.2
- 作者:Yu Kai;Hidaka Kumi;Sugiyama Hiroshi;Endo Masayuki;Matsumura Shigeyoshi;Ikawa Yoshiya
- 通讯作者:Ikawa Yoshiya
Biomimetic DNA Nanotechnology to Understand and Control Cellular Responses
仿生 DNA 纳米技术了解和控制细胞反应
- DOI:10.1002/cbic.202100446
- 发表时间:2022
- 期刊:
- 影响因子:3.2
- 作者:Sethi Soumya;Sugiyama Hiroshi;Endo Masayuki
- 通讯作者:Endo Masayuki
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遠藤 政幸其他文献
Time-dependent interaction of ritonavir with p-glycoprotein and cytochrome P450 substrates in chronic use.
长期使用利托那韦与 p-糖蛋白和细胞色素 P450 底物的时间依赖性相互作用。
- DOI:
- 发表时间:
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- 作者:
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福島恵造
分子ロボットの感覚となるDNAレセプターの構築
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- DOI:
- 发表时间:
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- 影响因子:0
- 作者:
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遠藤 政幸
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基于 AFM 的 DNA 折纸支架中分子运动的单分子成像
- DOI:
- 发表时间:
2015 - 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
M. Endo;Y. Yang;M. Goetzfried;K. Hidaka;M. You;W. Tan;H. Sugiyama;遠藤 政幸;Masayuki Endo - 通讯作者:
Masayuki Endo
パイ共役ワイヤー部位と機能性部位を有する複合分子の合成と物性
具有π共轭线部分和功能部分的复合分子的合成和物理性质
- DOI:
- 发表时间:
2012 - 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
遠藤 政幸;勝田 陽介;鈴木 勇輝;王 恵瑜.日高 久美;杉山 弘;石川泰嗣・酒巻大輔・伊藤彰浩・笛野博之・和田恭雄・田中一義・田中彰治・阿部幸浩・佐藤万紀・小松陽子 - 通讯作者:
石川泰嗣・酒巻大輔・伊藤彰浩・笛野博之・和田恭雄・田中一義・田中彰治・阿部幸浩・佐藤万紀・小松陽子
自己集合性3次元DNA結晶のAFMによる結晶表面観察
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- DOI:
- 发表时间:
2018 - 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
浴 晴彦;杉山 弘;遠藤 政幸 - 通讯作者:
遠藤 政幸
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- 批准号:
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