Understanding the biological roles of circular RNAs through the analysis of their translation mechanisms

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本研究課題は、これまで見過ごされてきたcircRNAの翻訳機構と翻訳産物の生理的意義を解明することを目的としている。circRNAはその配列が遺伝子座を共有するmRNAと重複することからマッピングの際に判別が困難である。また、circRNAはゲノム上に存在しない接合部位配列を有することから、mRNAや直鎖今コーディングRNAなどの線状RNAと同様の方法ではマッピングができない。2022年度は、ヒト分化多能性幹細胞株 (H9 ES細胞およびWTB6 iPS細胞) から抽出・精製したトータルRNAを、線状RNA特異的消化酵素であるRNase Rで処理した。さらにcircRNAの純度を高めるために、RNase Rで消化しきれなかった線状RNAの末端にpoly Aを人工的に付加し、dTビーズとハイブリダイゼーションしたRNAを取り除いた。こうして得られたRNAを用いてシークエンス用ライブラリーを作製し、次世代シークエンサーによるデータ取得を行った。得られたデータについて、独自に構築した解析パイプラインを用いて、circRNAのマッピングを行い、二株の独立した分化多能性幹細胞株で共通して発現するcircRNAを同定した。さらに、翻訳状態を塩基レベルで定量化する目的で、リボソーマルプロファイリング実施した。現在、circRNAのマッピング情報と被翻訳RNAの情報を合わせて解析中である。翻訳されているcircRNAが同定できたあとは、そこから実際にタンパク質が生成されていることを確認する必要がある。我々はこれまでに、共同研究者とともに質量分析の感度を向上させる条件検討を実施し、成果を得てきた。また、circRNAから生成されるタンお悪質は分子量が小さいことが考えられるため、小さなタンパク質を効率良く検出する方法を重点的に検討している。