Understanding the biological roles of circular RNAs through the analysis of their translation mechanisms

通过分析环状RNA的翻译机制了解其生物学作用

• 批准号: 21H02155
• 负责人: 高橋 和利
• 金额: $ 11.07万
• 依托单位: Kyoto University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
• 财政年份: 2021
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2021-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21H02155/
• 关键词: 環状RNA; 非標準的翻訳; 多能性幹細胞; 翻訳; リボソームプロファイリング

本研究課題は、これまで見過ごされてきたcircRNAの翻訳機構と翻訳産物の生理的意義を解明することを目的としている。circRNAはその配列が遺伝子座を共有するmRNAと重複することからマッピングの際に判別が困難である。また、circRNAはゲノム上に存在しない接合部位配列を有することから、mRNAや直鎖今コーディングRNAなどの線状RNAと同様の方法ではマッピングができない。2022年度は、ヒト分化多能性幹細胞株 (H9 ES細胞およびWTB6 iPS細胞) から抽出・精製したトータルRNAを、線状RNA特異的消化酵素であるRNase Rで処理した。さらにcircRNAの純度を高めるために、RNase Rで消化しきれなかった線状RNAの末端にpoly Aを人工的に付加し、dTビーズとハイブリダイゼーションしたRNAを取り除いた。こうして得られたRNAを用いてシークエンス用ライブラリーを作製し、次世代シークエンサーによるデータ取得を行った。得られたデータについて、独自に構築した解析パイプラインを用いて、circRNAのマッピングを行い、二株の独立した分化多能性幹細胞株で共通して発現するcircRNAを同定した。さらに、翻訳状態を塩基レベルで定量化する目的で、リボソーマルプロファイリング実施した。現在、circRNAのマッピング情報と被翻訳RNAの情報を合わせて解析中である。翻訳されているcircRNAが同定できたあとは、そこから実際にタンパク質が生成されていることを確認する必要がある。我々はこれまでに、共同研究者とともに質量分析の感度を向上させる条件検討を実施し、成果を得てきた。また、circRNAから生成されるタンお悪質は分子量が小さいことが考えられるため、小さなタンパク質を効率良く検出する方法を重点的に検討している。

In this study, the purpose of this study is to understand the physiological meaning of the objects in the circRNA machine. There is a common mRNA in the configuration of the circRNA system. There is a significant difference between the two groups. There is a connection between the two parts of the joint of circRNA and circRNA. The RNA is the same as the method of matching the joint with the same method. In 2022, the differentiation of pluripotent cell lines (H9 ES cells and WTB6 iPS cells) extracted spermatozoa, the digestive enzymes of RNA specific enzymes (RNase R) were extracted. In the end of the RNA, the poly An is artificially added, and the RNase R digest the poly An in the end of the RNA. This is the artificial payment of the poly A. In the next generation, the next generation will be able to obtain a line in the next generation. In the next generation, there will be a lot of trouble in the next generation. The target cells were isolated, differentiated, pluripotent, common, and identified as the same as circRNA. The information is changed, the basic information is changed, the purpose is quantified, the purpose is quantified, and the application is applied. At present, the circRNA situation has been reversed and the RNA situation has been analyzed. Please confirm that it is necessary to make sure that the circRNA is required. We asked the co-researchers to measure the sensitivity, the conditions, the application, and the results. The molecular weight of the molecular weight is small, the molecular weight is low, the molecular weight is low, the molecular weight is small, the molecular weight is small, the molecular weight is low, the molecular weight is low, the molecular weight is small, the molecular weight is small, the molecular weight is low, the molecular weight is

项目成果

A stress-reduced passaging technique improves the viability of human pluripotent cells.

• DOI: 10.1016/j.crmeth.2021.100155
• 发表时间: 2022-02-28
• 期刊: Cell reports methods

Non-canonical mode of translation in pluripotency.

多能性的非规范翻译模式。

• 发表时间: 2022
• 作者: Wakasa A;Kaneko MK;Kato Y;Takagi J;and Arimori T.;高橋 和利
• 通讯作者: 高橋 和利