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Have East native cattle received genetic introgression from wild cattle? -evaluation of the genetic structure and propagation route-

东方本土牛是否接受过野生牛的基因渗入？

基本信息

批准号：
21H02343
负责人：
万年英之
金额：
$ 11.15万
依托单位：
Kobe University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
财政年份：
2021
资助国家：
日本
起止时间：
2021-04-01 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

本課題では、ユーラシア大陸を網羅する北方系家畜ウシ集団に対し、遺伝様式が異なるmtDNA解析、高密度SNPアレイ解析、全ゲノムリシーケンスなどによるビックデータを用いた網羅的な遺伝構造解析を実施し、その遺伝子流入、遺伝構造、起源、伝播経路などを包括的に明らかにする。その成果を通して、東アジア家畜ウシの遺伝資源保護・開発につなげ、次世代畜産分野に対する学術的知見および基礎情報を得ることを目的とする。家畜ウシのハプログループT4は東アジア地域で特異的に観察され、特に和牛品種ではこのハプログループT4が他の東アジア地域に比べ、高頻度で観察されている。ミトゲノム解析の結果、ハプログループT4はサブハプログループT3aから分岐したものであることが明らかとなった。分岐年代推定や地域頻度を検討した結果、ハプログループT4とサブハプログループT3cの成立過程は異なっていることが示唆さ、これらハプログループは家畜化される以前である野生種のオーロックスの段階で生息域による地域分化が生じたことによって成立したことが示唆された。ユーラシア大陸12集団390頭のウシに対し50K SNPアレイによる25,831SNPのジェノタイピングデータを用いた8種類の解析を実施し、各品種の遺伝構造、品種間の系統関係や遺伝的流入、およびゲノムワイドな選択領域の推定を行った。その結果、和牛4品種5集団において明確な遺伝的乖離が見られ、それぞれが異なる遺伝構造を有していることが明らかとなった。黒毛和種と韓牛は共に朝鮮半島由来の遺伝構造を有している可能性が高く、黒毛和種では日本在来牛による遺伝的影響が現在まで比較的強く残っていると考えられた。

This project aims at the analysis of mtDNA, high-density SNP analysis, genetic diversity, genetic structure analysis, genetic influx, genetic structure, origin and genetic routing of northern livestock in China. The results of this research are intended to provide information on the conservation and development of livestock heritage resources and the academic knowledge and basic information on the division of next generation livestock. Livestock and cattle breeds are subject to region-specific inspections, and are subject to region-specific inspections with high frequency. The results of the analysis are as follows: Divergent age estimation region frequency analysis results, the establishment of the process is different, the establishment of the process is different, the wild species is different, the stage is different, the region is different, the establishment of the process is different. A total of 390 SNPs were identified from the 12-member cluster, and 25,831 SNPs were identified from the 8-member cluster. The genetic structure of each species, phylogenetic relationships among species, genetic influx, and genetic domain estimation were also performed. The results of the four varieties of cattle and the five groups of cattle are clear and distinct, and the structure of the cattle is clear and distinct The possibility of the origin of the Korean Peninsula is high, and the influence of the Korean Peninsula on the Korean Peninsula is strong.