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天然変性領域 (IDR) 形成を支えるスプライシング機構から俯瞰する相分離現象

从支持自然修饰区域（IDR）形成的剪接机制角度观察相分离现象

基本信息

批准号：
21H02476
负责人：
増田章男
金额：
$ 10.98万
依托单位：
Nagoya University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
财政年份：
2021
资助国家：
日本
起止时间：
2021-04-01 至 2025-03-31
项目状态：
未结题

项目摘要

IDR（天然変性領域）とRNA結合蛋白（RBP）の関係性を明らかにするため、生化学実験とBioinformatics解析の両面から探索を進めた。生化学実験で、人工天然変性領域の配列スクリーニング評価を行っていたところ、予期せぬことに、天然変性領域の相当割合が細胞内顆粒を形成せず、代わりに微細な網目状ネットワークを形成することが判明した。これまでのところ、天然変性領域を持つタンパクが細胞内で網目構造を持つことは、例外的な報告にとどまっており、その生理的意義は現在のところ全く解明されていない。その科学的重要性を考慮し、まず網目状ネットワークを精細に観察できる超解像度顕微鏡実験系の構築を行った。網目構造は、径100-400nmほどのポアサイズであり、超解像度顕微鏡の分解能限界に近い。このため、サンプルの固定法から染色・検出法に至るまで様々な条件検討を行い、十分な網目構造検出能を持つ解析系の構築に成功した。また、Bioinformatics解析で、annotation databaseから得られたヒト蛋白の全配列情報をもとに、IDRをコードするエクソンの分類を進めた。アミノ酸の組成/電荷/疎水性をもとに分類を行い、6種類のクラスターへの分別に成功し、RBPが特に集積しているクラスターを2つ発見した。これら2つのクラスターに属するRBPから数個ずつRBPを選択し、それらのリコンビナント蛋白を作製し、生化学的性質の違いを明らかにした。さらに、RT-PCRやtRIP解析、共免疫沈降実験などの生化学実験により、細胞内でのこれらクラスターRBP群の相互作用の検証を行い、スプライシングをはじめとするRNA代謝における生理的意義を検討した。

IDR (natural sexual domain), RNA-binding protein (RBP), biochemical assay, Bioinformatics analysis and further exploration. Biochemistry, artificial natural sexual field, artificial natural sexual field, artificial natural In the field of science and technology, people in the field of natural sex are responsible for the production of information in the intracellular network, with the exception of reports, and the meaning of physiology is now fully understood. The importance of science is examined, and the network network system is used to monitor the super-resolution of the system. Network design, path 100-400nm transmission system, ultra-resolution micro-scale decomposition energy limit. In this paper, the color method is used to determine the value of the color method, the color method and the color method. The results of Bioinformatics analysis, annotation database analysis and IDR analysis show that there is a complete list of information, information, and information about protein, protein, protein and protein. The chemical composition